# Filter the 3-column BLAST output according to following rules
# 1. Remove self matches, multiple matches
# 2. Re-order gene pairs lexicographically
import os
import sys
try:
infile = sys.argv[1]
outfile = sys.argv[2]
except:
print "Usage: python filter_blast.py infile outfile"
fp = file(infile)
pairs = {}
j = 0
for row in fp:
j+=1
a,b,e = row.split()
e = float(e)
if a==b: continue
if a>b: a,b=b,a
pair_name = "%s&%s"%(a,b)
if pair_name not in pairs or (pair_name in pairs and e<pairs[pair_name]):
pairs[pair_name] = e
print j,"records read"
print len(pairs),"records after filtering"
fw = file(outfile,"w")
for k,e in sorted(pairs.items()):
a,b = k.split("&")
fw.write("%s\t%s\t%g\n"%(a,b,e))
Filter the 3-column BLAST output according to following rules
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