fasta序列条数统计

搜索>的数量

grep -c '^>' name.fasta

#seqkit统计提取

seqkit stats name.fasta -T | grep -v file | cut -f 4

# 统计 1-100bp 范围长的序列数

cat name.fasta | seqkit seq -m 1 -M 100 | seqkit stat -T | grep -v file | cut -f 4

fastq序列条数统计

# 通常以fastq.gz格式压缩

zcat name.fastq.gz | awk 'NR%4==2{c++} END{print c}'

# 推荐下面的方法 pigz 会比gzip快10倍

pigz -dc name.fastq.gz | awk 'NR%4==2{c++} END{print c}'

# 如果不是压缩格式

cat name.fastq | awk 'NR%4==2{c++} END{print c}'