fasta序列条数统计
搜索>的数量
grep -c '^>' name.fasta
#seqkit统计提取
seqkit stats name.fasta -T | grep -v file | cut -f 4
# 统计 1-100bp 范围长的序列数
cat name.fasta | seqkit seq -m 1 -M 100 | seqkit stat -T | grep -v file | cut -f 4
fastq序列条数统计
# 通常以fastq.gz格式压缩
zcat name.fastq.gz | awk 'NR%4==2{c++} END{print c}'
# 推荐下面的方法 pigz 会比gzip快10倍
pigz -dc name.fastq.gz | awk 'NR%4==2{c++} END{print c}'
# 如果不是压缩格式
cat name.fastq | awk 'NR%4==2{c++} END{print c}'
