萨尔浒败讯传回朝廷，京师震动。对于这场彻底的失败朝廷的官员们发出了三种议论。第一种是可以失败但是绝对不能认输，为了朝廷的颜面以及彰显王朝的霸气，朝廷应该每年加饷三百万两为辽东募兵十至十八万，专司剿奴，直到彻底剿灭后金。
第二种则是反思战败的原因，认为杨镐作为经略没有摸清后金虚实就轻敌冒进，必须严惩；后金也不是一日坐大，养寇自重的李成梁父子必须严惩。
第一种议论实话说比较切合帝王的心思，万历心里当然也接受不了辽东的失败，他也希望能将努尔哈赤献俘于午门来洗刷失败的耻辱。但是朝廷根本弄不来三百万两饷银，发兵再伐之议只能不了了之。
第二种议论看似有理，但解决不了实际问题，而且战前这帮人骂杨镐畏敌不前、贻误战机的奏疏，万历估计都还记得放在什么地方。
第三种议论准确地说不是来自一类官员，而是一个官员，这个人就是熊廷弼。他的议论才是万历最想看的，目前应该如何守住辽东。
熊廷弼，字飞百，万历二十五年乡试第一名，二十六年进士及第。为人“性刚负气、好谩骂，不为人下，物情以故不甚附”，做什么事都无所顾忌，不计后果。万历三十六年擢御史巡按辽东，当年上书怒斥李成梁放弃宽甸内迁民户之罪可赐死，结果是万历不置可否，熊廷弼得罪了李成梁一系不少人。
在辽东工作期间，他实行军屯，修缮边墙和堡垒，三年之内囤粮三十万石，修七百里边墙、城池七座、墩台一百余座。努尔哈赤称汗反明后，熊廷弼准确地判断出后金军的惊人战斗力，认为大明军队在野战中根本就不会有胜算，又积极向朝廷上疏备陈修边驻堡、以守为战的存辽大计。
这在一片主攻伐、主剿灭的霸气奏中显得格格不入，加上熊廷弼目空一切，喜耻笑谩骂同僚这个性格上的致命缺点，导致他在辽东事务根本无人支持，很快就被杨镐排挤到南直隶督学去了。
萨尔浒之战后，面对惨败朝臣们才承认熊廷弼的正确，公议推荐熊廷弼代杨镐经略辽东。万历与内阁大臣商议后起复熊廷弼大理寺丞兼河南道御史，命其去宣抚辽东军民。不久后又加兵部右侍郎兼右佥都御史衔，准备让其代替杨镐经略辽东（此时杨镐尚未去职）。
然而熊廷弼还没出京师，开原就失陷了。熊廷弼意识到辽东局势的恶化，于是上书万历说明了自己的观点和要求。
在他看来要守辽东则需守住河东这块腹心之地；要守河东则需守辽阳、沈阳；要守辽、沈则必守开原以联通叶赫夹击后金。现在开原失陷，后金必先攻叶赫以绝腹背之忧。攻灭叶赫后，后金会从东西两面夹击河东，到时辽东更难防守。
在这个空当大明需要立即在沈阳、辽阳重建防线。接着熊廷弼提出了他的要求“毋旁掣、毋中格”，明确地告知万历，最大的敌人还是朝中的言官。万历对此深以为然，连连点头，赐熊廷弼尚方宝剑以安其心。
万历四十七年六月熊廷弼带着尚方宝剑刚出山海关，铁岭又告失守，前方传来消息，沈阳及其周边城堡的军民已经逃得一干二净，辽阳也已经人心惶惶。熊廷弼并没有慌张，他前进到虎皮驿（在沈阳南方六十里处）派了两个人去把逃走的人招回来。
结果佥事韩原善吓得瘫软于地，佥事阎鸣泰出发没走几里地就又哭着跑了回来，再也赶不出去了。熊廷弼气极，只能亲自出马。倒不是熊大人脾气好，这两人如果是武将铁定会被斩首。不能不感慨在明朝，文臣就是比武将金贵。
熊廷弼从虎皮驿出发后，沿路见到逃亡的百姓、士兵，一律命令他们跟随自己去沈阳。就这么一路跟随，队伍如同滚雪球一样，不断壮大着向沈阳前进。到达沈阳后，熊廷弼又要连夜去巡查抚顺，部将都觉得他是在找死，力阻之。
熊廷弼不但一笑了之，还为了扩大影响，命令随行士兵吹号击鼓，招摇而行。到达抚顺后，熊廷弼立即将刘遇节、王捷、王文鼎等几个有逃跑行为的将领斩首示众，以明军法（对比下前面两个文臣）。
接着熊廷弼对前线敌我形势作了一番认真考察后，将现有队伍集中带到奉集炫耀武力，奉集后金兵少当然闭门不出，只能坐看熊大人阵前笑骂他们懦弱。
在熊廷弼的一番操作下，熊廷弼的威望快速攀升，辽东军民之心慢慢稳定下来。之前逃亡的军民开始返回各自驻地。熊廷弼也迅速将他们组织起来开始修缮整治城池、堡垒、防御工事、器具等。
然而好景不长，在熊廷弼忙碌的时候，努尔哈赤也没有闲着。如熊廷弼事先判断的一样正在全力攻打叶赫部。万历四十七年八月努尔哈赤攻下叶赫最后两座城池，杀二城主并屠城，随后又将叶赫部剩余军民全部编入八旗，叶赫部正式覆灭。
叶赫部灭亡的消息传到沈阳，刚刚安定下来的民心就跟炸了锅一样，明军人人自危，个个畏惧出战，有的骑兵在马匹本来就匮乏的情况下为了逃避出战、出巡，故意饿死、刺死马匹。在这种情况下熊廷弼虽然气愤，但也没有办法。只能集结兵力亲自固守辽阳，阻止局势进一步恶化。
鉴于辽人的畏战、士气低落（萨尔浒之战中战斗到最后的基本都是九边、川浙士兵，开跑的大多为辽东军士）以及目前明军野战明显弱于后金的事实，熊廷弼意识到当下只有先固守自保，慢慢整顿内务，待恢复元气后再剿灭后金。
具体的防守策略是在后金最可能出兵的四路（靉阳、清河、抚顺、柴河和三岔儿中间）各设三万兵马，防范后金进攻；在镇江设两万支援四路，兼顾朝鲜；辽阳设两万驻守，有事策应；海州、三岔河各设一万为后援；金州、复州各设一万防守海运，保障后勤。以上总计需兵十八万，一年饷银大概要三百二十万两。
朝廷当然一下拿不出这么多，熊廷弼也没有坐等，而是不出城浪战、召集流亡、整肃军令、造战车、治火器、挖壕修城、屯田积粮，开始积蓄力量。除此之外，他还在主要城池周边以及重点防御位置修堡垒互为依托、应援。并以堡垒和城池为依托向重点防御方向继续扩展堡垒收复失地。
经济上断绝与后金的贸易，而且也严厉警告蒙古人，不允许他们和后金贸易。发现那个部落与后金交易就断绝互市，这也导致后金跟蒙古之间只能走私，让后金被蒙古人单向猛宰。
与此同时朝中言官们也并没有让熊廷弼失望，弹劾他的奏疏如雪片般地飞向万历御前，攻击他的谤议在朝中不绝于耳。这些言官中的骨干是两个熊廷弼当年做御史时的亲密战友。
一个是给事中姚崇文，先前因丧回乡守制，回朝后由于万历对言官的痛恨，吏部对于他的入补申请被万历搁置了好几年（这是历史上有名的万历不置官，万历其实针对的就是言官）。
为了前途求过熊廷弼，以熊廷弼的性格这种在他眼里废物一样的人怎么会搭理？因此姚崇文怨恨上了熊廷弼。后来几经巴结活动官复原职，被派往辽东检阅兵马，与熊廷弼议事，意见不一,又被熊多次耻笑谩骂，怨恨更深。
第二个人是御史刘国缙，此人在秋察中因被评下等而被贬职，这对言官来说是相当致命的，很难翻身了。但辽东战起后，朝廷起了以“辽人守辽”的议论，他才被重新起用，做了兵部辽东道的主事。
到辽东任职后刘国缙也极力推行“辽人守辽”，主张大量招募辽人为兵，后来按他的方法招募了一万七千人，结果里面大多数都是来混安家费的兵油子，没多久就跑了一大半。熊廷弼将此事上报了朝廷，当然以他的性格也免不了一顿嘲讽耻笑。
没想到熊廷弼如此不顾及情面，由此刘国缙也怨恨上了熊廷弼。而姚崇文出自刘国缙门下，所以这两人就很自然地联合起来攻击熊廷弼。姚崇文和刘国缙就联络了很多言官，从方方面面开始了对熊廷弼的攻击。（言官们为何如此，这是一个很大的话题，会专门写一篇细说，还请关注。）
说他不训练兵马，只知道挖沟修城；说他不率兵马收复失地，畏敌如虎；说他拿着尚方宝剑恐吓属下，作威作福……搞得熊廷弼不胜其烦，想撂挑子不干了。这个时候万历皇帝就展现了他在明朝历代帝王中难能可贵的品质，“用人不疑，疑人不用”。
而且万历与言官几十年的斗争也有了丰富的经验，他很明白这些言官想干什么，所以对于弹劾熊廷弼的奏疏他一概不理睬，全部留中不发，向朝廷明确了自己的态度（就是自己支持熊廷弼，你们不要闹）。
并在熊廷弼的辞职报告上批复：“辽事败坏，全是地方官玩忽职守所致，卿一意振作，恢复封疆，朕深切依赖……望卿益加殚忠任事，与诸臣协力共事，毋为人言所阻。”表达了自己对熊廷弼深信不疑，希望其专心做事。而且万历在临死之前，身患重病，依然非常关心熊廷弼的工作，只要是熊廷弼的奏疏就必看必答。
在万历的大力支持下，熊廷弼很快就在河东建立了以堡垒城池为点、以点连线、以线构面的防守体系。军心也迅速稳定，沈阳也很快重新回到明军的防御体系中，开原、铁岭也有望收复了。
努尔哈赤眼看着明军步步为营，地盘越来越大，防守也越来越稳，内心也很焦急。更为重要地是征服叶赫部之后，后金面临一个新问题，接下来怎么生存下去？和明帝国互市？这谁都知道不可能。
和蒙古人互市？先不说蒙古人干不干，首先互市很多东西蒙古人也缺（布匹、盐、铁、茶、粮食等），就算是愿意卖，蒙古人也绝对会卖高价。去抢蒙古人？怕是明朝是举双手赞成并热情鼓励的，这是主动树敌给大明推盟友，而且蒙古很多部落也不比后金富裕。
萨尔浒之战后，后金在辽东获取了大量土地，而女真又人丁稀薄根本耕作不完（那个时候后金人口不超过二十万，不到现在一个小型乡镇的人口）。虽然战争俘获了大量奴隶，但是女真为了安全以及长久的生活习惯都是群居，不会分散平铺在辽东大地上，所以后金手头实际有大量闲置土地。为什么不将辽东大片的土地分给俘获的汉人，让他们耕种收租呢？
这就是努尔哈赤政治失败的地方，他根本没有想过如何最大限度地发挥出治下的民力，而是视异族为异类（包括不顺服从他的女真部落），只知道劫掠他们、屠杀他们。后金在努尔哈赤的带领下，与其说是由部落向国家转变，不如说是由部落向有组织的强盗集团转变，一旦不能继续劫掠整个族群生存就成了问题。
书回本题，努尔哈赤眼看着熊廷弼在一天天壮大，加上为了族群今后的生存，他决定继续攻打劫掠大明。万历四十八年五月到八月，努尔哈赤袭击并攻占了花岭、王大人屯、蒲河几个地方，但是劫掠所得并不丰富。
而明军损失不大只阵亡七百余人，而且总兵贺世贤也颇有斩获，相对于之前的抚顺、东州、萨尔浒、开原、铁岭之战，可以说明军翻身了（但就是这一战最后成了熊廷弼下课的导火索）。
泰昌元年（实际就是万历四十八年八月后，因为泰昌帝在位只有一个月的时间，所以年号上只能将万历四十八年分成两半来用），努尔哈赤率六万大军向沈阳袭来。在向沈阳推进的过程中，努尔哈赤真正领略到熊廷弼策略可怕的地方。
越靠近沈阳越发觉得周围的明军越来越多，但这些明军还不好剿灭，他们都据守在堡垒里，你留下军队看管他们就会不断地分兵；如果一个个堡垒去进攻，不知道什么时候才能啃到沈阳。
要是不管他们率大军直扑沈阳，在围攻坚城的时候这些明军肯定会合围上来，就算他们不敢主动进攻，袭扰后方断断粮道的事还是拦不住的，六万大军不用吃饭么？
就这样当推进到离沈阳十里的时候，努尔哈赤敏锐的军事第六感觉察到，再不撤怕是不能全身而退了。这一战虽然斩获不多，但是对明朝以及后金的影响是巨大的。对于明朝来说，证明了熊廷弼的策略是正确可靠的。对于后金来说，此战消耗了大量粮草却没有任何获取，损失相当惨重，而且更严重地是今后怎么办？这样和明朝拼消耗，后金是绝对拼不过的。
熊廷弼就这样不主动出战，只是稳固自己的防御，每当现有防御区稳固后就向外再扩一片，再设点、连线、构面……努尔哈赤只能干看着，小打小闹根本破不了这铁桶阵，发动大军如果像沈阳一役那样劳而无获，至多一两次后金就没饭吃了。古代一支军队无论多勇猛，当没饭吃后，要不了多久就会成为咸鱼。
一旦后金又开始食不果腹时，只要熊廷弼给努尔哈赤的人头标上价码，只怕高喊杀奴保家的女真人会层出不穷。然而不进攻，在熊廷弼一步步蚕食下，后金也不过是慢性死亡。辽东局势就这么快速好转，眼看着对明朝来说就快不是问题了。
但天不佑明！万历四十八年，神宗皇帝驾崩，紧跟着也就一个月的时间，继任的光宗皇帝也驾崩了。天启皇帝即位，熊廷弼成了三朝元老，但是再也没人为他遮风挡雨了。
这个时候那些言官们又开始围攻熊廷弼，先是姚崇文陈说熊廷弼不听别人意见，刚愎自用（这个倒没有诬陷熊廷弼，他为人自视甚高，而且还极力表现出来，虽然他能力确实高，但是风评很差）。接着御史顾慥指责熊廷弼“出关逾年，漫无定画；浦河失守，匿上不闻”。
最后冯三元弹劾熊廷弼“无谋者八、欺君者三”，其中最重要的几条是，开原、铁岭失守大量物资没有运回（这明明是杨镐的锅）；北关告急，熊廷弼不救；辽东精锐矿兵不用；国家军队不去杀敌，反而天天挖沟修城。这都是把之前攻击的奏章翻新一下重发。
天启也许是从政经验不足，也有可能是确实对熊廷弼有意见，他将冯三元的奏疏批复后要求廷议。不论天启的本意如何，这种行为在群臣看来表达的是对熊廷弼的不信任。熊廷弼只能上书自辩。
开原、铁岭的粮食，他一到辽东就收割，来不及的均就地焚毁没有资敌；北关告急时，他才刚到辽东手下只有开原道韩原善、分守道阎鸣泰，不知道冯三元说的大军在哪里；辽东矿徒都是亡命之徒，当兵也是当匪兵到处抢劫，唯利是图，不能相信。（辽东矿徒里最有名的三人叫孔有德、耿仲明、尚可喜，也是大清的三顺王）。
而那些言官们要的就是熊廷弼的自辩，他们一哄而上，分别各抓熊廷弼自辩奏疏里的话开始了各种诛心的推理。比方说要用尚方宝剑立威是因为德行不足以服人；说没大军是视民壮如无物，其实就是贪生怕死不敢出战；说矿徒不能为兵，是诋毁忠勇的臣民；御史张修德甚至弹劾他在辽阳挖壕修堡垒是在破坏地方建设……
在这种攻击下，熊廷弼根本辩无可辩，加上他性格自负孤傲、喜好嘲笑谩骂同僚，在朝中除了已驾崩的神宗皇帝基本就没有后援。熊廷弼气得破口大骂：“辽已转危为安，臣且之生致死！”，并上书要交还尚方宝剑、并请求辞职以证自身清白。
结果不言而喻，朝廷里根本无人挽留。派往辽东核实情况的兵科给事中朱童蒙回来后首先肯定了熊廷弼的功绩，以及辽东人民对熊廷弼的拥戴。然后他话锋一转又给熊廷弼扣了一个大帽子。
说熊是深受陛下信任，现在遇到问题就要辞职不干，这是把皇上的大恩置于何处呢？熊的罪在于辜负皇上。这等诛心之论，让熊廷弼如何辩解？随后朝廷收回了尚方宝剑，免去了熊廷弼在辽东的所有职务。
熊廷弼这次去职并没有涉及太深的党争，仅仅就是朝廷言官习惯性的攻击日常。因为朝廷并没有真正认识到辽东难解之处，觉得熊廷弼的策略并没什么高明的地方，他熊廷弼能守，换别人一样能守（对于熊说过的辽人不可信、不可大用；明军野战不敌后金等，没人太过于在意）。
另外熊廷弼的性格太过于自负，他去辽东时间不长，因为军饷、物资等问题已经和朝廷的官员关系闹得很僵，天启可能是出于地方与朝廷关系的考虑也想换掉熊廷弼。
熊廷弼为啥跟官员们搞不好关系，我们看看他下课时说的话吧：
“今朝堂议论纷纷，全不知兵。前年萨尔浒大战前，廷臣哄然高呼师老财匮，督促杨镐开战，等到军败，才愀然不敢作声。现辽东稍有起色，愀然不作声者哄然责臣出战。疆场之事，自当听疆场之臣处理，何用拾贴括语，徒乱人意，稍有不从，就怫然大怒！”
好在天启目的是换人不是整人，不然熊廷弼的这番言论，弹劾他目无朝廷、意欲拥兵自重，下狱和杨镐做邻居也不是不可能。至此让努尔哈赤一筹莫展的强敌熊廷弼，就这么败下阵来，辽东局势又将逆转。
