Windows系统安装开源版PyMOL教程

本文初稿发布于2019年，其介绍的安装方法已被众多用户参考使用。由于原下载网站现已无法访问，目前仅可通过百度网盘共享的安装包进行安装。最近，因工作需要，从 [Pymol-open-source wheels for Python on Windows] 发现了 PyMOL 3.2.0 版本的安装信息，特此对本文进行更新，希望能为同行提供帮助。

前言

PyMOL是一款由Python语言开发的开源的分子三维结构显示软件，被广泛运用于科学研究与教育领域，现由Schrodinger公司提供技术支持。可从官网直接购买PyMOL的可执行版本，或者下载试用版本。另外University of California Irvine对PyMOL源码进行了预编译，并免费提供PyMOL的相关wheel文件。

PyMOL官网https://pymol.org/2/
PyMOL学习网站http://www.PyMOLwiki.org/index.php/Main_Page

PyMOL

系统环境：Windows 10，64位
安装环境：Python 3.7，64位，依据如下：
（版本Python 3.9，PyMOL 2.5.0的安装方法同本版本，2020.11）
（版本Python 3.14，PyMOL 3.2.0的安装方法同本版本，2025.08）

Version 2.3.1 - Updated April 17th 2019 (Installation instructions)
For previous versions and Python 2.7 bundles, see here.
These bundles include Python 3.7

Download PyMOL

Python安装

（所有版本安装方法一致，本次未做更新，2025.08）

如系统已搭建好python环境，可跳过此步骤，直接进入PyMOL安装环节。

1 官网下载Python安装包

网址：https://www.python.org/downloads/windows/，选择相应版本安装包下载即可。

本文下载的版本为：Python 3.7.3，Windows x86-64 executable installer，如图所示。

Python

2 安装Python

双击python-3.7.3-amd64.exe文件，选择“Install launcher for all users”和“Add Python 3.7 to PATH”两个选择框，并以Customize installation方式安装，随后安装选项均为默认，直至出现安装位置。本文选择安装位置为C盘，点击install便可安装完成（一定记住Python安装位置）。

3 Python安装验证

Windows系统下，调用CMD命令，进入命令行窗口，输入python，如出现以下界面，即表明安装成功。

PyMOL(3.2.0)版本安装

Python安装

安装方法参考前文，本次下载安装版本为python-3.14

温馨提示

Windows10系统环境需要部署Microsoft C++ Build Tools环境，可自行搜索“Microsoft Build Tools for Visual Studio”，在 Build Tools 中，安装“使用C++的桌面开发”即可。

安装依赖库：

打开命令提示符（CMD），输入以下命令安装必要的依赖库：

python -m pip install numpy
python -m pip install pmw
python -m pip install pyqt5

下载 PyMOL 的 wheel 文件：

- 根据 Python 版本和操作系统位数，下载对应的 PyMOL 安装包：
- PyMOL 安装包下载Pymol-open-source
- pymol-open-source-wheels
- 本示例使用 Python 3.14 和 Windows 64 位系统，下载 pymol_launcher-3.2.0a0-cp314-cp314-win_amd64.whl 和 pymol-3.2.0a0-cp314-cp314-win_amd64.whl。
- pymol-3.2.0a0-cp314-cp314-win_amd64.whl
- pymol_launcher-3.2.0a0-cp314-cp314-win_amd64.whl

4. 安装 PyMOL：

将下载的安装包放在一个目录中，例如 C:\pymol，在命令提示符中切换到该目录：
```
进入 C:\pymol
```

安装 pymol_launcher：

  python -m pip install --no-index --find-links="%CD%" pymol_launcher-3.2.0a0-cp314-cp314-win_amd64.whl

安装 pymol-3.2.0程序：

python -m pip install --upgrade --no-deps pymol-3.2.0a0-cp314-cp314-win_amd64.whl

5. 运行 PyMOL：

在命令提示符中输入以下命令运行 PyMOL：
```
pymol
```
或者在python安装文件夹中找到pymol.exe，双击运行即可。
[v2025.7.4 发布版本]
https://github.com/cgohlke/pymol-open-source-wheels/releases/tag/v2025.7.4
python-3.14版本+pymol-3.2.0版本
链接: https://pan.baidu.com/s/14B542qxg316lHpDi9WKriQ?pwd=n269
提取码: n269

PyMOL（2.6.0）版本安装

（以下安装方法可行，但提供下载whl文件的地址失效，可从本文最后的百度云盘下载）

1 下载whl文件

进入Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages网站。

Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages

下载相应pymol的whl文件包及其以来安装包。

numpy+mkl安装包 numpy‑1.15.4+mkl‑cp37‑cp37m‑win_amd64.whl
Pmw软件包 Pmw‑2.0.1‑py3‑none‑any.whl
pymol安装包 pymol‑2.3.0‑cp37‑cp37m‑win_amd64.whl
pymol_launcher安装包 pymol_launcher‑2.1‑cp37‑cp37m‑win_amd64.whl

pymol whl

NumPy

2 安装PyMOL软件

将下载好的文件放在硬盘根目录下，本文将下载好的文件放在了C盘下的pymol文件夹中（C:\pymol），在cmd命令窗口或者powershell窗口下，运行以下命令即可完成pymol的安装。

C:\Users\yangh>cd C:\pymol

C:\pymol>pip install numpy-1.15.4+mkl-cp37-cp37m-win_amd64.whl # 安装numpy+mkl
Processing c:\pymol\numpy-1.15.4+mkl-cp37-cp37m-win_amd64.whl
Installing collected packages: numpy
Successfully installed numpy-1.15.4+mkl

C:\pymol>pip install Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl # 安装Pmw
Processing c:\pymol\pmw-2.0.1-py3-none-any.whl
Installing collected packages: Pmw
Successfully installed Pmw-2.0.1

C:\pymol>pip install pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl # 安装pymol-2.3.0
Processing c:\pymol\pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl
Requirement already satisfied: numpy in c:\python37\lib\site-packages (from pymol==2.3.0) (1.15.4+mkl)
Requirement already satisfied: Pmw in c:\python37\lib\site-packages (from pymol==2.3.0) (2.0.1)
Installing collected packages: pymol
Successfully installed pymol-2.3.0

C:\pymol>pip install pymol_launcher-2.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl # 安装pymol_launcher
Processing c:\pymol\pymol_launcher-2.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl
Requirement already satisfied: pymol in c:\python37\lib\site-packages (from pymol-launcher==2.1) (2.3.0)
Requirement already satisfied: numpy in c:\python37\lib\site-packages (from pymol->pymol-launcher==2.1) (1.15.4+mkl)
Requirement already satisfied: Pmw in c:\python37\lib\site-packages (from pymol->pymol-launcher==2.1) (2.0.1)
Installing collected packages: pymol-launcher
Successfully installed pymol-launcher-2.1

C:\pymol>pip list # 查看已安装软件
Package    Version
---------- ----------
numpy      1.15.4+mkl
pip        19.1.1
Pmw        2.0.1
pymol      2.3.0
setuptools 40.8.0

C:\pymol>pip show pymol #查看安装后的pymol信息
Name: pymol
Version: 2.3.0
Summary: PyMOL is a Python-enhanced molecular graphics tool. It excels at 3D visualization of proteins, small molecules, density, surfaces, and trajectories. It also includes molecular editing, ray tracing, and movies. Open Source PyMOL is free to everyone!
Home-page: http://pymol.org
Author: Schrodinger
Author-email: UNKNOWN
License: UNKNOWN
Location: c:\python37\lib\site-packages
Requires: numpy, Pmw
Required-by:

安装完成后，在Python的安装目录C:\Python37中有PyMOL执行文件，双击即可运行。为方便使用，可以将PyMOL执行文件发送到桌面快捷方式。

除直接在Python环境中安装之外，还可在Anaconda（Python3.7）环境中安装，或者直接官网下载Windows版，购买LICENSE。

关于PyMOL的学习使用，以后如有时间再做系统整理分享。
以上软件安装包存放在百度云盘中，如有需要，自行下载。

2022年之前安装软件包如下：

python-3.9版本+pymol-2.6.0版本
链接: https://pan.baidu.com/s/1pTeIGvyk-1MTBETDXtMHCw?pwd=vdny
提取码: vdny

python-3.11版本+pymol-2.6.0版本
链接: https://pan.baidu.com/s/1pxBztEKDNupMk4s9ad3a1Q?pwd=4qhx
提取码: 4qhx

参考

PyMOL Windows Install https://pymolwiki.org/index.php/Windows_Install
PyMOL Wiki http://www.PyMOLwiki.org/index.php/Main_Page

软件安装时做了部分记录，作为简书的开篇一文，分享给大家，仅供参考。

Windows系统安装开源版PyMOL教程