pymol安装自用教程
pymol是一款蛋白质三维结构可视化软件，基于python语言，所以在安装前需要先安装python为其创建运行环境。
目前我安装的python是3.9.2版本。
一、pymol的下载
开源版的下载与安装
1.下载与对应python版本的4个whl包
网址 https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/
①numpy:
numpy+mkl安装包：numpy‑1.22.4+mkl‑cp39‑cp39‑win_amd64.whl
pymol_launcher安装包：pymol_launcher‑2.5‑cp39‑cp39‑win_amd64.whl
Pymol软件包：pymol‑2.6.0a0‑cp39‑cp39‑win_amd64.whl或pymol‑2.5.0‑cp39‑cp39‑win_amd64.whl
Pmw安装包：Pmw‑2.0.1‑py3‑none‑any.whl
2.安装pymol
将上述四个包放在python文件目录中，开始安装
#pip list 检查安装程序
在安装目录下找到pymol打开就可以用啦
但是！此时安装完成的PyMOL版本为PyMOL1的界面，即菜单栏窗口和显示窗口为独立分离的两个窗口。虽然也可以使用，但更多功能是在PyMOL2中实现，且与官方版本相同。
接下来，在命令行输入
运行成功后重启PyMOL，界面即为PyMOL2界面。
常用命令：
1.查看/切换工作路径：查看：pwd，切换：cd + 路径
2.设置背景颜色为白色：bg_color white
3.保存图片：png filename.png
制作高清图片，制作完成后，输入ray命令，然后保存图片
4.设置label字体大小：set label_size,20
label字体的大小默认是14pt
5.cartoon模式：cartoon loop
pymol内置了10种cartoon模式：
6.着色：color red,object name
7.叠合两个object：
8.设置二级结构颜色：
本文参考：
1.PyMOL小白自留教程1——PyMOL的安装（PyMOL小白自留教程1——PyMOL的安装 - 简书 (jianshu.com)
2.PyMOl的下载安装（PyMOl的下载安装 - 简书 (jianshu.com)
