apt-get安装bwa：

sudo apt install bwa
bwa  ##查看安装结果

下载参考基因组

mkdir bwa_test -p
cd ~/bwa_test/
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/012/525/GCA_000012525.1_ASM1252v1/GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna.gz
gunzip GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna.gz ##解压基因组文件

bwa1.png

3. 运行bwa将read比对到参考基因组

bwa index GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna -p PCC7942_index ##为参考序列建立索引

bwa2.png

bwa比对

bwa mem PCC7942_index /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz >test_bwa_7942.sam

bwa3.png

打开比对文件

less test_bwa_7942.sam 

bwa4.png

Bowtie2安装运行

mkdir bowtie2_test
cd bowtie2_test

image.png

拷贝参考基因组文件

cp ../bwa_test/GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna ./

bowtie2

建立索引

bowtie2-build GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna PCC7942_index

索引建立成功

bowtie2比对

bowtie2 -x PCC7942_index -1 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz -2 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz -S test_bowtie2.sam

比对结果

test_bowtie2.sam

比较bwa和bowtie2运行速度

time bowtie2 -x PCC7942_index -1 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz -2 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz -S test_bowtie2.sam
time bwa mem -t 1 ../bwa_test/PCC7942_index /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz >test_bwa_7942.sam

时间比对·

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