功能医学认为核心生理过程失衡是是致病的关键。失衡是如何发生的呢？众所周知，环境和行为会以各种方式对人体送出讯息——透过饮食、周遭环境（空气、住居、地貌）、运动或不运动、压力或创伤——而讯息再经过个体特有的代谢及基因特质进一歩处理。这一连串互动中，可能有某一环节发生故障。由于你的身体代谢随时都在针对互动产生的外来讯息做出反应，不断把讯息转译成细胞指令，那么某一特定讯息绝对可能产生某种特定反应，结果扰乱了某个核心生理过程的平衡。外部和内部之间，也就是体外的周遭世界和体内的基因特质之间，也不无可能出现矛盾。这样的失衡会引发健康不佳的症状或疾病。人体七大生理过程会影响所有的组织、器官系统，而失衡正是大部份慢性病的根本原因。它们是我们之所以生病的核心关键。功能医学思维模式两个核心其一是指身体里该有的没有，满足身体生理平衡需要的营养的物质包括阳光、水分、充足的睡眠等都没有，另一个核心是指不该有的太多，比如一些毒素，过敏的食物，微生物的感染，还有不健康的饮食，不该有的压力等，这些每天在身体里与机体相互作用，必将导致生理失衡。五个引起疾病的环境因素指毒素、过敏源、微生物、不健康的饮食包括生活方式、压力等，作用在机体导致代谢失衡从而改变基因表达，最终导致疾病。
功能医学的思维模式与传统医学模式不同，从以“疾病”为中心，转化为以“人”为中心，关注健康中的“两个核心问题”、 “五种引起疾病的环境因素”、 “七大生理失衡”。
一、两个危害健康的核心问题
1．患者要祛除的危害健康的因素：
环境毒素或自身产生有害物质、过敏源、感染或炎症、不良的饮食习
惯、压力等：
2．患者对维护身体健康所需要的物质是否可能存在潜在的、或明显的不足：如优化的食物（蛋白质、脂肪、碳水化合物、纤维），天然营养素（维生素、矿物质、必需和半必需营养素、激素），阳光、水和空气等。另外，是否有健康需要的睡眠、深度的放松、足够的运动、适当的生活节奏、爱情、社会关系、心灵健康。
二、五种引起疾病的环境因素
1．毒素(Toxins)（生物性、化学或金属元素、合成性的）：
2．过敏源(Allergens)（食品、霉菌、灰尘、动物、花粉、化学品等）：
3．微生物（细菌、酵母菌、寄生虫、病毒等）：
4．压力(Stress)（身体或心理）
5．不健康饮食（SAD或标准美国饮食）．
三、七大核心的生理系统和临床失衡：环境因素（五个疾病原因）与基因相互影响造成的七大生理系统的平衡
1。激素和神经传导的失衡
2。氧化一还原失衡和氧化压力及线粒体疗法。
3。解毒和生物转化失衡
4。免疫和炎症失衡
5。消化，吸收和肠道微生物失衡
6。肌肉骨骼系统的结构失衡
7。身体心灵失衡
