# name: pathway_bubble.r
# func：绘制富集pathway气泡图
getwd() #查看当前目录
setwd("D:/desktop") #修改目录到D盘桌面
library(ggplot2) # 导入ggplot2包
# 读取输入数据 "R0-vs-R3.isoforms.filter.tsv"
pathway = read.table("R0-vs-R3.path.qvalue.head20.tsv",header=T,sep="\t")
# 绘制气泡图
aes = aes(x=R0vsR3/All_Unigene,y=Pathway,size=R0vsR3,alpha=-log10(Qvalue))
ggplot(data=pathway,aes) + geom_point(color="red")
# 添加标题
ggplot(data=pathway,aes) + geom_point(color="red") + labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene number",x="Rich factor",y="Pathway name",title="Top20 of pathway enrichment")
#图形绘制完成后，直接使用Plots中的Export输出pdf格式，设置长宽大小
# 保存文件
#ggsave("R0-vs-R3.path.qvalue.head20.pdf")
