# name: pathway_bubble.r

# func：绘制富集pathway气泡图

getwd()     #查看当前目录

setwd("D:/desktop")     #修改目录到D盘桌面

library(ggplot2)     # 导入ggplot2包

# 读取输入数据 "R0-vs-R3.isoforms.filter.tsv"

pathway = read.table("R0-vs-R3.path.qvalue.head20.tsv",header=T,sep="\t")

# 绘制气泡图

aes = aes(x=R0vsR3/All_Unigene,y=Pathway,size=R0vsR3,alpha=-log10(Qvalue))

ggplot(data=pathway,aes) + geom_point(color="red")

# 添加标题

ggplot(data=pathway,aes) + geom_point(color="red") + labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene number",x="Rich factor",y="Pathway name",title="Top20 of pathway enrichment")

#图形绘制完成后，直接使用Plots中的Export输出pdf格式，设置长宽大小

# 保存文件

#ggsave("R0-vs-R3.path.qvalue.head20.pdf")