我一般用MACS2做peak calling，但是不知道效果是不是最好的，去搜了一下，发现14年有一篇文章用DNase-seq的数据比较了主流的几个peak caller的效果。虽然发表在Plos one上，不过还是很有参考意义（A Comparison of Peak Callers Used for DNase-Seq Data）。这篇文章比较了如下四个软件：
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用 ENCODE中的K562, GM12878 和 HelaS3的DNase-seq的数据从以下几方面去比较这几种软件的效果：
- sensitivity 和 specificity
作者先从ENCODE中下载了K562, GM12878 和 HelaS3的几十套转录因子结合（TFBS）的narrow peaks的数据，用BEDOPS取了这些的并集作为比较这几种软件的"reference set"。以下是这四种数据的灵敏度（TPR）和特异度（1-FDR）的情况（其中ZINBA分为两种，一种是ZINBA_N，即输出为narrow peak模式，另一种是ZINBA_B，输出为broad peak）：
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ZINBA_N具有最小的TPR，即可能会错失更多正确的DHS，不过它同时也有最小的FDR。但是ZINBA_B的TPR和FDR都比较低，所以ZINBA_B与reference set和其他的方法差距较大。
2. 找到的peaks数量和peaks的长度以及coverage
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3. 调整默认的信号阈值
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在调整了阈值之后。F-seq的效果得到了提升，但是Hotspot与MACS表现则与之前差不多。
总体来看，对于DNase-seq的数据而言。F-seq的效果来说最好，MACS和Hotsplot也相对不错。但是ZINBA对于DNase-seq的数据无论是在特异度、灵敏度还是在计算时间上都不是很适合。
