使用Image J对Soft Agar计数

自从知道了Image J的神奇功能,我再也不愿意手动计数了。

Soft Agar的图片背景有颜色,无法直接进行计数,需要对背景进行处理。

——利用PS和Image J对Soft Agar计数

1.    使用PS,将softagar照片黑白化处理,快捷键,command(Ctrl)+shift+U,对比度调整一下,得到jpg格式的照片(保证不同组间组内使用相同的对比度)

2.   打开image J

File-> open file-> select local file


1. 打开图片

3.    去除背景

Process-> subtract background-> light background ->50 pixels-> OK

Edit- >invert


2. 去除背景



3. 背景黑化

4.    对ImageJ进行初始设置

Image-> 8 bits

Process -> Binary -> Options-> black background-> ok

5.   调整对比度和阈值

Image-> adjust -> brightness/contrast->auto


4.调节对比度

Image-> adjust -> threshold->自己调阈值,主要调下限,红色的点就是需要计数的点,并且不同组之间的阈值必须一致,确定下来后,所有的图片都取一样的阈值-> dark background->apply


5.调节阈值

6.    圈出目标的计数范围(避免边框的影响)


6.圈出目标范围

7.    自动计数

Analyze-> analyze particles-> Size(同样确定下来后,所有组的Size都取一致的值)->按照以下勾->OK

Count数目即为所有的点数


7.自动计数

以上就是我们综合各位大神的攻略,所做出的的探索版本,欢迎指正!

20221215

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