Pathview是一个可视化KEGG通路的R包，它会在线从KEGG网站上下载KEGG通路，并进行个性化处理，例如填上不同的颜色 。
效果图：
单个通路作图可以使用KEGG主页在线制作，但是如果要再流程中使用，特别是在linux服务器上搭建流程，最好是把KEGG所有通路图（xml格式）都提前下载下来，这样可以避免很多网络错误，提高流程效率。
数据库本地下载命令：
library(pathview)
setwd("kegg_pathway_view/")
read.csv("KEGG_class_20210806.csv",header=T)->all
#把所有待下载的hsaXXXX id放在这个文件
for(i in 276:nrow(all)){ #循环下载
id=all[i,6] #eg .id=hsa00054
id_no<-sub('^...','',id) #此处是把 hsa去掉，如 hsa00054 改变为00054
print(id_no)
name=paste("data_test",id,sep = "",collapse = "")
test <- try(pv.out <- pathview(gene.data = data,
pathway.id = id_no,
species = "hsa",
out.suffix = name,
width=10,
height=8))
if ('try-error' %in% class(test)) next #避免下载是报错，退出！！！
}
下载后的文件：
把所有hsaXXX.xml 和hsa XXX.png 放在一个文件夹内本地数据库就完成了。
利用本地数据库作图：
pv.out <- pathview(gene.data = data,
pathway.id = "05014",
species = "hsa",
out.suffix = "data_test",
kegg.dir="C:/Users/zhaox/Desktop/tmp", #这里就是上一步做的本地数据库。
width=10,
height=8)
