最近在做WES数据分析，后期需要检测样本CNV的结果，于是看到cnvnator这个软件，导致我未来的一周在坑中度过，翻看别人写的博文，不懂（什么啊一个都走不通）--不断尝试--放弃--老板再催--继续搜索--放弃--找别的软件--放弃--偶然成功！终于书写了一部血泪史：
警示：conda直接下载是个坑，下载的版本是CNVnator_v0.3.3，我系统的GLIBC是2.17，使用cnvnator会报错/root/miniconda2/glibc-2.14/lib/libc.so.6: version `GLIBC_2.17' not found (required by /lib64/libssl.so.10)；我们服务器GLIBC是2.14，使用报错是 /root/miniconda2/glibc-2.15/lib/libc.so.6: version `GLIBC_2.17' not found (required by /lib64/libssl.so.10);是真的烦人，这个报错花了很久时间，也没解决问题（解决这个错会有下个错误提示，两天后我放弃了）！
后来搜到一个最新博文，话不多说上连接：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-37696-1-1.html，我一步一步按这个整中间依然报错，但是我把中间的某些步骤替换了，最终成功了！下面步骤分享一下：
1.cnvnator开发者依赖的两个包必须装samtools和root
安装samtools:
步骤 1 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
步骤 2 执行以下命令解压samtools安装包。
tar -xvf samtools-1.10.tar.bz2
步骤 3 执行以下命令进入解压后的目录。
cd samtools-1.10
步骤 4 执行以下命令进行安装。
yum install -y bzip2-devel bzip2-libs bzip2
步骤 5 执行以下命令进行配置。
./configure --prefix=/path/to/SAMTOOLS
步骤 6 执行以下命令进行编译安装。
make all all-htslib
make install install-htslib
步骤 7 执行以下命令设置samtools的环境变量。
export PATH=/path/to/SAMTOOLS/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/SAMTOOLS/lib:$LD_LIBRARY_PATH
安装ROOT工具包:
步骤 1 下载root_v6.14.06.Linux-centos7-x86_64-gcc4.8.tar.gz
步骤 2 解压tar -zxvf root_v6.14.06.Linux-centos7-x86_64-gcc4.8.tar.gz，生成root文件夹
步骤3 执行以下命令加载环境变量
export PATH=/path/to/SOURCE/root/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/SOURCE/root/lib:$LD_LIBRARY_PATH
--结束
2.安装cnvnator
操作步骤
步骤 1 下载CNVnator安装包“CNVnator_v0.4.1.zip”。
下载地址：https://github.com/abyzovlab/CNVnator。
步骤 2 使用FTP工具将CNVnator安装包上传至服务器“/path/to/CNVNATOR”目录。
步骤 3 执行以下命令进入CNVnator安装目录，并且做好依赖链接。
cd /path/to/CNVNATOR
unzip CNVnator_v0.4.1.zip
cd CNVnator_v0.4.1/src
ln -s /path/to/SAMTOOLS/samtools-1.10 samtools（samtools-1.10的解压文件夹，不是安装文件夹！！！）
ln -s /path/to/SOURCE/root root_build
软连接非常关键，相当于在cnvnator文件里建立了samtools和root文件夹的快捷方式（如果samtools软连接有问题会报错：AliParser.hh:10:17: fatal error: sam.h: No such file or directory；如果是root软连接有问题会报错：HisMaker.hh:15:20: fatal error: TFrame.h: No such file or directory。）
----结束
成功！！！
