人类的消化道中蕴藏有10的14次方个活细菌，是人体细胞总数的10倍。肠道微生物种类至少有500种，主要由厌氧菌、兼性厌氧菌、好氧菌组成，其中专性厌氧菌占97%～99%。根据菌株对宿主的作用可将定居于胃肠道的菌群分为共生型、条件致病菌和病原菌3类。从人出生至衰老死亡，肠道菌群始终处在动态变化的过程中。
婴儿时期
婴儿出生后，细菌迅速在肠道定植，首先是大肠杆菌、链球菌等好氧菌，1周后好氧菌数量下降，双歧杆菌数量上升，成为主要菌株；
幼儿成年
幼儿到成年时期，肠道中的菌群经过乳杆菌、拟杆菌等数量逐渐上升以及双歧杆菌的数量略有下降的过程后，形成相对稳定的菌群结构；
成年老年
机体逐渐衰老进入老年后，双歧杆菌、拟杆菌等数量和种类显著下降，梭杆菌、产腐败物梭状芽孢杆菌等兼性厌氧菌数量显著上升，肠道菌群呈多样性。
在正常人体肠道中约有400-500种不同的细菌，统称肠道菌群。其中厌氧菌占据了优势地位。这些肠道菌群与机体相互依存，对食物中营养物质的消化吸收、外来致病菌的抵御、免疫系统的维护都有着重要作用。例如人们熟知的肠杆菌、肠球菌、双歧杆菌、乳酸菌等肠道主要菌群，都是厌氧菌或兼性厌氧菌。伴随着机体生长，厌氧菌在肠道内的数量可以高达97%以上。所以对于肠道菌群中，厌氧菌才是检测肠道菌群变化的主要指标之一。
正常机体肠道最常见的菌群主要包括肠杆菌、双歧杆菌、乳酸菌、肠球菌、类杆菌等。成人机体中厌氧菌数量最多的是类杆菌，双歧杆菌和乳杆菌次之，而婴儿肠道内的厌氧菌数量最多的是双歧杆菌，乳酸菌和肠杆菌次之。其他数量较少的肠道致病菌因健康、饮食等原因差异较大，且检出率仅为五成左右。
对于婴幼儿来说，肠道的定植抗力是从出生后开始形成的。目前可从婴儿粪便中检测到的细菌包括十六个菌属，小儿一般到2岁时才能形成稳定成人模式的肠道菌群。胎儿期肠道是处于无菌状态的，出生后立即有细菌在肠道内定植，出生后一天后便可以在粪便中检测到细菌，1到2周后，其他专性厌氧菌会逐渐开始定植并大量增加，再加上外界环境的不同，婴儿会很快形成保护机体的肠道菌群作为屏障，这些细菌大多为益生菌，可以相互作用，在生长代谢的过程中产生一定数量的短链脂肪酸，改变肠道环境，提供对机体代谢有益的乳酸、乙酸等，Jenney(1999)研究表明厌氧菌产生的过氧化氢对不能产生过氧化氢酶的细菌有一定得抑制作用，Soriano(1991)的研究表明双歧杆菌除了产生短链脂肪酸、β-半乳糖苷酶、β-葡糖甘酶外还可以产生具有广谱抗菌作用的甲醇一丙酮等可抑制致病菌的物质。这些机制都是机体肠道菌群正常的状态，这也是人体最初形成的肠道菌群的定植抗力。
