9、
九月二十一日，刘秀到南阳，然后又到汝南郡南顿县馆舍，设酒会，赏赐吏民，免除南顿县田租一年。南顿父老上前叩头说：“皇考在此居住时间很长，陛下也熟悉这里官府衙门（刘秀父亲曾任南顿县令），希望陛下开恩，给我们免税十年。”刘秀说：“天下重器，我都唯恐自己不能胜任，过一天是一天，那敢说十年的事！”吏民们都说：“陛下舍不得罢了，何必这么谦虚呢？”刘秀大笑，又增加一年免税，接着又巡视了淮阳、梁国、沛国。
10、
西南夷栋蚕部落造反，杀死地方官。刘秀下诏，命武威将军刘尚征讨。大军过境越嶲（xi）郡，邛（qiong）谷王任贵担心刘尚平定南边，中央政府的法律一定推行，自己就不能为所欲为了，于是秘密集结部队，又准备大量毒酒，准备先慰劳刘尚军队，用毒酒把全军放倒，然后袭击刘尚。刘尚收到情报，即刻分兵先袭取邛都，突击任贵，将他斩杀。
二十年（公元44年）
1、
春，二月十日，刘秀车驾还宫。
2、
夏，四月三日，大司徒戴涉被控故意陷害前任太仓令（掌国家粮库）奚涉，下狱，死。刘秀认为三公职责相连，于是又下诏将大司空窦融免职。
3、
广平忠侯吴汉病重，刘秀车驾亲临探视，问他有什么遗言。吴汉说：“臣愚钝，没有什么知识，惟愿陛下谨慎，不要随意赦免罪犯而已。”五月四日，吴汉薨逝。刘秀下诏，葬礼规格参照当年大将军霍光先例。
吴汉性格坚强，每次跟从刘秀出征，只要刘秀还没安顿好，他就小心翼翼的侍立一旁。诸将见到战事不利，往往惊惶失措，吴汉则意气自若，整顿军械，激励将士。刘秀有时派人去看大司马在干什么，回来都说正在修治攻战之具。刘秀赞叹说：“吴公基本上还能让我满意，他的威重，简直就像一个敌国。”每次出征，早上接到命令，晚上就出发，行装都不收拾。在朝廷的时候，一举一动，谨慎质朴，行于体貌。有一次，吴汉出征，妻子在后方买田置宅，吴汉回来，责备他说：“军队在外，将士们都用度不足，咱们还在家里买田买房吗？”于是将田宅全部分给自己兄弟和妻子家族。所以吴汉能享功名以善终。
华杉曰：
刘秀说吴汉“隐若一敌国矣！”这是将道，吴起兵法说：“出门如见敌。”出了门，就像所见一切人皆敌人，保持警惕，随时严阵以待。《论语》里孔子说：“出门如见大宾”，出了门，就像所见所有人都是尊贵的客人，保持热情和尊敬。都是一样的道理。
每次出征，早上接到命令，晚上就出发，行装都不收拾。这是臣礼，叫“急趋君命”。《论语》里孔子说：“君命召，不俟驾行矣。”国君有事召见，传命一来，都不等车驾准备好，马上就走，步行急趋。步行，难道比车还快吗？为什么不等车呢？这是礼！家人自会准备好车驾追上来，再上车。所谓急趋君命，出行而车驾随之。所以吴汉不是不要行装，他先去执行任务，行装由家人随后收拾好送来。
4、
匈奴入寇上党、天水，逼近扶风。
5、
刘秀苦于风眩症（高血压），病得很厉害，命阴兴兼任侍中，到云台广室接受临终遗言。后来，恰好病好了，召见阴兴，希望他接替吴汉的大司马职务。阴兴叩头流涕，坚决辞让，说：“臣不敢爱惜自己身体，只是我实在才德都配不上这样的高位，怕有损陛下的圣德！”至诚之情，发自内心，感动左右，刘秀于是听从了他的意见。
太子太傅张湛，自从郭皇后被废，就称病不朝。刘秀强迫他出山，想要任命他为大司徒。张湛坚决以生病为由，不肯再上朝任事，于是将他免职。
六月十四日，任命广汉太守、河内人蔡茂为大司徒，太仆朱浮为大司空。十六日，任命左中郎将刘隆为骠骑将军，代理大司马职权。
6、
六月十九日，中山王刘辅改封为沛王。以郭况为大鸿胪，刘秀数次到他家做客，赏赐金帛，丰盛无比，京师的人都把郭况家成为“金穴”。（郭况是郭皇后弟弟，刘秀补偿被废的皇后家族。）
7、
秋，九月，马援从交趾回来，平陵人孟冀迎接慰劳他。马援说：“方今匈奴、乌桓还在侵扰北边，我想要自告奋勇，前往征讨。男儿当死于边野，马革裹尸还葬而已，难道躺在床上，死在儿女手中呢！”孟冀说：“对！烈士就应该这样！”
华杉曰：
这就是“马革裹尸”成语的由来，马援四个字，千古留名，但是，这恰恰是违背了将道。战士当不怕死，但是不能轻视死亡，不能有必死之心。马援这是一种非常危险的性格，一种高风险偏好，《孙子兵法》说：
故将有五危：必死，可杀也；必生，可虏也；忿速，可侮也；廉洁，可辱也；爱民，可烦也。凡此五者，将之过也，用兵之灾也。覆军杀将，必以五危，不可不察也。
将领有五种性格缺陷，是最危险的。
一、 不怕死，一味死拼，就会被敌人所杀。
二、 贪生怕死，一心求生，又会被俘虏。
三、 愤怒急躁，经不起刺激，会中人激将计，忿而出战送死。
四、 廉洁，爱惜名誉，经不起污辱，会为了维护自己的名誉，洗清别人泼自己身上的脏水，而不顾性命出战，中计。
五、 爱护居民，也会被人利用，或让他为掩护居民而烦劳，或驱使人民为炮灰，让他不忍作战，而敌人就藏在里面。
领导力，很大程度上是一种性格。反之，领导者的灾难，往往也是一种性格缺陷。这五种性格缺陷，都是将领的过错，用兵的灾害。军队覆灭，将领身死，都是由于这五种危险造成的，不可不警惕！
马援就占了第一条，他最后的灾难性结局也是因为这一条，他死不要紧，他带的士兵要白白跟他送死。孙子一定不愿意战死疆场，他一定要安安稳稳死在床上。再引用一句巴顿将军的讲话：“士兵们！我不要你们为国捐躯。为国捐躯，那是敌人的事。”
8、
冬，十月二十日，刘秀巡视鲁国、东海国、楚国、沛国。
9、
十二月，匈奴入寇天水、扶风、上党。
10、
十二月二十八日，车驾还宫。
11、
马援自请出击匈奴，刘秀批准，派他出兵屯驻襄国县，下诏命百官送行。马援对黄门郎梁松、窦固说：“大凡人得了富贵，还可能又归于贫贱。卿等如果不想再贫贱，居于高位，就要好好把持住自己，经常想想我今天的话！”梁松，是梁统之子。窦固，是窦友之子。（都是马援晚辈。）
12、
刘尚进兵栋蚕，连战连捷，将他们击破。
二十一年（公元45年）
1、
春，正月，刘尚追击到不韦县，斩栋蚕部落酋长，西南夷全部平定。
2、
乌桓与匈奴联军入寇，代郡以东地区受乌桓摧残尤为深重。乌桓基地接近边塞，早上出发，傍晚就抵达边塞城下，沿边五郡民众，家家户户都深受其害，以至于郡县损坏，百姓流亡，边陲萧条，没有人烟。秋，八月，刘秀派马援与谒者分别修筑堡垒要塞，重新整顿郡县，或者先任命郡守、县令和地方官长，召还人民。乌桓居住在上谷塞外白山的部落是其中最强悍的，马援率领三千骑兵前往攻打，无功而返。
3、
鲜卑一万余骑兵入寇辽东，太守祭彤率数千人迎击，亲自披甲，冲锋陷阵，鲜卑大败奔逃，投水淹死者过半。祭彤穷追出塞，鲜卑人急于奔命，都抛弃兵器奔散而走。从此鲜卑震怖，畏惧祭彤，再也不敢来了。
4、
冬，匈奴入寇上谷、中山。
5、
莎车王贤逐渐骄横，想要兼并西域，数次攻打其他诸国，勒索赋税。诸国愁惧，车师前王、鄯善、焉耆（qi）等十八国都派遣儿子入侍汉朝，献上珍宝，等到接见时，都叩头流涕，请求得到西域都护保护。刘秀认为中国初定，北部边境还没有宾服，把他们送来做人质的王子再送回去，只是厚厚赏赐。诸国听说汉朝拒绝设置西域都护，并且将王子们都送还，大为忧恐，送信给敦煌太守说：“希望把王子们留下，以示莎车，就说王子们都留下了，西域都护将要出塞，让莎车停止军事行动。”裴遵汇报上来，刘秀同意。
