针对database中的fasta，报错时候重新bwa index -a is HLA-I_II_CDS.fasta
1. Read Alignment (HPRA， faster but less accurate)
查看HPRArnaseq_classI-II.sh，bwa方法比较繁琐:
rd1=/liu/sample_rna_suc/clean_by_trimmomatic/SRR7094744_1_paired.fa
rd2=/liu/sample_rna_suc/clean_by_trimmomatic/SRR7094744_2_paired.fa
hla=/root/biosoft/HLAminer_v1.4/database/HLA-I_II_CDS.fasta
hlanp=/root/biosoft/HLAminer_v1.4/database/hla_nom_p.txt
bwa aln -e 0 -o 0 $hla $rd1 > aln_test.1.sai
bwa aln -e 0 -o 0 $hla $rd2 > aln_test.2.sai
bwa sampe -o 1000 $hla aln_test.1.sai aln_test.2.sai $rd1 $rd2 > aln.sam
HLAminer.pl -a aln.sam -h $hla -s 500 -p $hlanp
标准答案：
只答对了HLA-C，如果使用OptiType速度还快，还能全部正确，要不是为了拿MHC-II结果，忍了！
如果直接使用，如下命令
bwa mem -t 5 -a $hla $rd1 $rd2 > aln.sam方法，HLA-C也沦陷了，哈哈。
2. Targeted Assembly of Shotgun Reads (HPTASR)
cpan Bio::SearchIO
运行路径下准备sample.fof文件place the fullpath location of your short read fastq or fasta files in the "sample.fof" file；
parseXMLblast.pl 报错缺Bio::SearchIO::blastxml
cpan YAML
cpan Algorithm::Diff
然后安装Bio::SearchIO::blastxml test一直过不了，直接cpan 进入后 infoce install Bio::SearchIO::blastxml
运行parseXMLblast.pl，报错expat.h：没有那个文件或目录 yum install expat-devel
然后cpan XML::Parser
查看HPTASRrnaseq-classI-II.sh，TASR在bin中已经安装
change shebang line in all PERL (.pl) scripts (似乎没改也能运行HLAminer.pl)
搭配test-demo中配置文件ncbiBlastConfig2-2-29.txt，重新安装了2.2.29的blast+
修改bin下的ncbiBlastConfig2-2-29.txt中2.2.29 blastn的路径, alignments:-max_target_seqs 5需要删除。
hla=/root/biosoft/HLAminer_v1.4/database/HLA-I_II_CDS.fasta
hlanp=/root/biosoft/HLAminer_v1.4/database/hla_nom_p.txt
nbc=/root/biosoft/HLAminer_v1.4/bin/ncbiBlastConfig2-2-29.txt
TASR -f sample.fof -m 20 -k 20 -s $hla -i 1 -b TASRhla -w 1
cat TASRhla.contigs |perl -ne 'if(/size(\d+)/){if($1>=200){$flag=1;print;}else{$flag=0;}}else{print if($flag);}' > TASRhla200.contigs
formatdb -p F -i TASRhla200.contigs
parseXMLblast.pl -c $nbc -d $hla -i TASRhla200.contigs -o 0 -a 1 > tig_vs_hla-ncbi.coord
parseXMLblast.pl -c $nbc -i $hla -d TASRhla200.contigs -o 0 > hla_vs_tig-ncbi.coord
HLAminer.pl -b tig_vs_hla-ncbi.coord -r hla_vs_tig-ncbi.coord -c TASRhla200.contigs -h $hla -p $hlanp
结果如下：
基本首选项全对！！
以上为RNA-seq分析，如果是WES分析，可以使用HLA-I_II_GEN.fasta替换HLA-I_II_CDS.fasta，但是实际操作过程中发现，速度慢到崩溃啊，哈哈哈，24小时，TASR才能完成5%左右，获得约10M的TASRhla.contigs数据，等不急了，直接拿来做后续分析，幸运的是也能出结果，结果还算正确，谢天谢天地！
不过WES也可以用HLA-I_II_CDS.fasta，但是正确性不高，不推荐操作！
