Fan K, Weisenhorn P, Gilbert JA, et al. Wheat rhizosphere harbors a less complex and more stable microbial co-occurrence pattern than bulk soil. Soil Biology and Biochemistry, 2018, 125(March): 251–260. DOI: 10.1016/j.soilbio.2018.07.022.
| 问题 | 对古细菌和细菌或真菌互作关注很少；农业生态中很少有微生物核心种的研究。 |
|---|---|
| 取样 | 9 sites x 5 reps x 10-12 plants; 根际土vs非根际土。 |
| 测试指标 | pH; texture; moisture; 总碳、氮、磷、钾。 |
| DNA提取 | 0.5 g鲜土。 |
| 古细菌和细菌扩增 | 16S rRNA 2对引物。 |
| 真菌 | ITS2 区域 1对引物。 |
| 序列分析QIIME | 去除 < 200 bp &平均质量得分 < 25 reads； UCLUST 产生OUT；细菌和古细菌用 greengenes 数据库比对，真菌用 UNITE库比对。 |
| 统计分析 | ‘vegan’ R包进行NMDS（距离）、Mantel检验、Envfit、 ANOSIM、MRPP and ADONIS分析。 ‘WGCNA’ R包基于Spearman相关矩阵进行共网络构建。 ‘igraph’ R包计算网络属性。 Gephi生成网络图。 |
