Linux环境下下载及安装软件
准备工作
- 确认压缩软件bzip2；若没有需要
yum install -y bzip2安装
2.Miniconda 软件下载器下载及安装
- linux64-bit-python3.7对应的版本→右键-复制下载链接
-
mkdir biosoft→cd biosoft→wget 链接（复制粘贴为鼠标左键及右键）。eg：sh是脚本（文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，wget为下载命令
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
-
bash运行脚本命令
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 激活 ``source ~/.bashrc
- 添加镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
软件安装与卸载
- 查看所有软件列表：
conda list - 搜索软件fastqc：
conda search fastqc - 安装fastqc:
conda install fastqc -y - 卸载fastqc:
conda remove fastqc -y;eg: -y表示自动安装
不同环境的应用
- 环境：（我的理解）做不同的菜需要不同大小的容器，在linux中，当分析不同的数据需要统一软件的不同版本时，需要切换， 二者互补影响。
- 查看当前存在的环境,
conda info -envs。
(base) [root@mayue ~]# conda info --envs
# conda environments:
#
base * /root/biosoft/yes
*:默认的environment
- 新建环境：
-
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y(建立一个名叫rnaseq的conda环境,指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic)
- 激活新环境（conda下）
conda activate rna-seq, root前会变成（rna-seq） - 卸载
- 卸载环境下的软件
conda remove -n rna-seq fastqc -y - 卸载全部软件：
- step1: 退出当前环境:
conda deactivate - step2: 卸载:
conda remove -n rna-seq --all
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时间仓促，粗略学习，需要反复熟悉。
