倚天屠龙记中，灭绝师太是峨眉派掌门人，不过她并非是合格掌门人。作为掌门人，应该将发扬光大本门传承作为第一要务，而灭绝师太却对私人恩怨看得很重。重恩怨本不算错，可她倾全派之力为自己报仇，这种做法就太过分了。峨眉派并不是她自己的，而是全峨眉派弟子的，更加是郭襄女侠传下来的基业。
灭绝师太仇恨明教，一方面是师兄孤鸿子间接死在杨逍手上，另一方面，她兄长死在金毛狮王手上，这些债全都算到明教头上。后来灭绝师太的弟子纪晓芙也毁在杨逍手上，灭绝师太更加要报仇。
为了报仇，首先要求纪晓芙刺杀杨逍，告诉她说，只要刺杀成功，就将峨眉派掌门的位子传她。这并非真心话，因为都知道杨晓不好惹，即便能够刺杀成功，也很难从昆仑山脱身，灭绝师太分明是在欺骗纪晓芙。
纪晓芙拒绝刺杀任务，便被灭绝师太一掌打死，当时还想将纪晓芙的女儿杨不悔灭口，行事狠辣歹毒，比魔教还要狠。
灭绝师太又让周芷若哄骗张无忌，一门心思要将明教毁灭。她做这些事的目的就是为了私仇，没有丝毫广大本门的意思，结果险些将峨眉派毁掉。周芷若遵从她的意愿行事，已经彻底黑化为女魔头，杀了好几个无辜的人，若非黄衫女及时出现将她制服，峨眉派必然成为江湖公敌，峨眉派很可能就此烟消云散。
