生物信息学软件错综复杂，平台依赖，库依赖导致各种软件安装bug，为此我们这里介绍下比较常用软件控制工具conda
conda主要有两种版本，anaconda和miniconda，这里主要介绍miniconda3.
1.软件的下载和安装
# download latest conda installer
curl -O https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# run the installer
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# delete the installer after successful run
rm Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# add the conda path to our shell config files
echo 'export PATH="/home/manager/miniconda3/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
2.添加镜像
镜像就是我们来安装软件时，安软查找需要的库，添加实用的镜像会让我们安装软件更加迅速快捷
# Install some conda channels
# A channel is where conda looks for packages
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
3.环境
为什么要创建环境，因为很多生物信息软件在安装的过程中，需要很多依赖，而不同的软件需要的依赖包的版本可能不一样，
如果都将软件安装在conda main目录会导致依赖包的冲突，因此，我们在很多场合下需要创建新的安装环境。
创建环境
conda create -n ngs python=3
激活环境
conda activate ngs
$ conda activate ngs
# Lets look at the content of the PATH variable
(ngs) $ echo $PATH
/home/manager/miniconda3/envs/ngs/bin:/home/manager/miniconda3/bin:/usr/local/bin: ...
在新的环境中，我们打印出$path,发现现在在我们创建的新环境下，此时安装软件就会安装在 envs/ngs下面。
退出环境
conda deactivate
删除环境
conda remove -n ngs --all
4.安装软件
conda install package
5.常用conda命令
# to search for packages
conda search [package]
# To update all packages
conda update --all --yes
# List all packages installed
conda list [-n env]
# conda list environments
conda env list
# create new env
conda create -n [name] package [package] ...
# activate env
conda activate [name]
# deavtivate env
conda deactivate
# view conda configuration information
conda --version
conda info
conda info --envs
