基于生物信息学筛选并综合分析肝细胞癌关键基因
DOI:10.13210/j.cnki.jhmu.20210831.001
1.一个数据集,筛选出差异基因。图:PCA主成分分析、火山图、热图
2.对差异基因进行富集分析(上下调基因未分开),p<0.05,基因计数>5。图:GO(BP/MF/CC)、kegg
3.L1000FWD数据库,差异基因特征表达的可视化,差异基因导入数据库,得到小分子与药物特征相似度结果。图:差异基因特征表达可视化烟火图、与差异基因特征相似的主要药物表格
4.差异基因做PPI网络,分值为0.5,得到与肝细胞癌发生发展较为密切的基因主要为EEF1A1、HK2、FAM38A、LAMB3等。图:差异基因蛋白互作网络图
5.GEPIA中找肝癌中EEF1A1与HK2的mRNA表达,继续评估这两个基因与肝癌病理分期之间的相关性。图:表达图、小提琴图
6.分别在GEPIA与Kaplan-Meier plotter中进行生存分析。图:两个基因四个图
7.随后对这两个基因进行基因功能预测(分别输入预测),GENEMINIA平台。图:两张
8.EEF1A1与HK2基因表达与肝细胞癌免疫浸润水平分析,TIMER2.0,分开输入。图:2个基因14张图。
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