1.图表介绍
(1) 热图
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- 差异基因热图
group: 粉红色untrt为对照组
中线以上的基因为下调基因
(2)散点图
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- 以一个向量作为纵坐标，横坐标默认按照下标排序
(3)箱线图
3
-
箱线图展示单个基因在两组之间表达量的差异
一组数据分布的直观体现，展示数据群体数据整体分布，不展示每一个数据的样子
输入数据是一个数值型向量作为纵坐标和一个字符串向量（有重复值且取值数量有限）作为横坐标
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离群点：比Q1小1.5倍的四分位距（箱高）或比Q3大1.5倍四分位距的点
max： 最大值
75%： Q3，四分之一的数比我大
median： Q2，中位数（Q1、Q2、Q3统称为四分位数）
25%： Q1， 四分之一的数比我小
min： 最小值
(4)火山图
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6
7
- P值越小 → -log10(Pvalue)越大 → 差异越显著
(5)主成分分析
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- 一个点代表数据框中的一行，点与点之间的距离代表相似性，距离越近越相似（Dim1，Dim2代表主成分1和主成分2能解释数据变化趋势的百分之多少，后面的百分数可以去掉不用显示）
2.表达芯片分析思路
- 探针的表达量反应基因的表达量
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探针注释（探针与基因的对应关系）
- 注释来源
1） Biocoductor的注释包
2）GPL的soft文件解析
3）官网下载对应产品的注释表格
4）自主注释
https://mp.weixin.qq.com/s/mrtjpN8yDKUdCSvSUuUwcA
3.富集分析
(1)id转换：bitr()
entrezid id是富集分析最好的基因id
- 输入数据：
差异基因的entrezid id
所有基因的entrezid id
(2)富集分析结果
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