嘉靖年间，皇帝长期沉迷于炼丹修道，不问政事，朝政全由内阁首辅严嵩把持，他任用亲信赵文华等人主持抗倭战事，而赵文华则凭借职务之便，欺压地方官员，搜刮库藏贪污勒索，更为严重的事，他并不懂得军事，直到有人揭露他的罪行，嘉靖帝才将他治罪削职为民。
就在明朝政府昏君乱党，大行其道的形势之下，时任浙江巡抚，监察御史的胡宗宪让明朝政府在这场倭寇之乱中看到了一丝希望。
胡宗宪
胡宗宪，字汝贞，号梅林明朝抗倭名将，他到任后，一方面招揽重用了大量人才，如俞大猷，戚继光等，另一方面就是注重练兵，他在抗倭斗争中最令后人称道的就是与两大倭寇首领王直，徐海的斗智斗勇。
王直是东南沿海地区倭寇的首领和中间人物，自己组建了一个庞大的海盗集团。
胡宗宪在对海上倭患进行分析后，制定了剿抚并举的抗倭策略，在经过长期的招抚策划后，终于在1557年冬，胡宗宪设计诱捕了海盗王直，并于1559年将其斩首，当时横行海上的倭寇除了王直外，其次就属徐海的实力最强啦。
徐海本是一个和尚，后随叔叔从事海上贸易，因为叔叔把他作为人质抵押给了倭寇，后无力偿还，徐海走投无路，被迫与倭寇勾结，开始了海盗生涯，并逐渐发展壮大起来，对待徐海，胡宗宪同样采取招降政策，并且充分利用了徐海的爱妃王翠翘来诱降徐海。
徐海听信翠翘之言投降胡宗宪，哪知胡宗宪出尔反尔，诛杀了徐海。
至此，两浙者的倭寇暂时平息了，其余的倭寇便把重心移到福建。
平定江浙倭寇的明军将领也转战至福建一带，其中最为有名的莫过于俞大猷和戚继光了。
俞大猷
俞大猷，字志甫，又字逊尧，号虚江，福建泉州人，在平定倭寇的战争中立下了赫赫战功，其中最有名的一次战役是兴化平倭大捷，当时清华城被倭寇攻陷，俞大猷被调为福建总兵官，剿灭倭寇。
俞大猷采用“比以战为守，我以守为攻”的正确作战策略，按兵不动，等待时机。
1563年4月所有部署完成后，明军三路出击，歼灭2200多人，取得了兴化平倭大捷，收复了平海卫和兴化城，解救了3000名被俘的百姓，为这场战役周密部署指挥的俞大猷在论功行赏时，却因为嘉靖皇帝听信谗言，对俞大猷银四十两有人为他抱不平，但他却淡然处之，并不计较个人得失，而是继续领兵作战，荡平倭寇。
当时与俞大猷齐名的就是戚继光，他们两人被时人并称俞龙戚虎。
戚继光
戚继光，山东登州人出身武将家庭，面对倭寇肆意横行，鱼肉百姓的形式，他愤然写下了“封侯非我愿，但愿海波平”的诗句，表达自己立志扫平倭寇的决心。
为了抗击倭寇，1559年秋戚继光亲自到义乌精心挑选，招募了3000人，经过两个月的强化训练，戚继光招募的这支军队竟然成为了战斗力很强的部队。
1561年，在台州先后九战九捷，迅速的荡平了浙江的倭寇，戚继光由于在对倭寇的战斗中屡立战功，他的军队被人们亲切地称为戚家军。
在福建的抗倭斗争中，戚继光除了在新华平锅大捷中，立下了汗马功劳外，又在解救仙游之围中体现了卓越的军事才能。
新华平倭大捷后，又有大批倭寇陆续登陆，1563年，两万多倭寇围攻仙游，谭纶和戚继光统兵来救，当时戚继光部下只有6000人，敌我力量悬殊，在经过长时间的周密部署后，戚继光分兵多路猛攻窝口，致使倭寇丢盔卸甲全线崩溃，仙游之围解除了。
后来戚继光又与俞大猷合作，共同讨伐吴平军，吴平源活跃于闽粤沿海后退居难熬，与倭寇勾结有1万多人，威余二人精诚合作，共同战斗。
吴平惨败，率800余人乘船逃跑。
1566年，戚继光与俞大猷又共同剿灭了吴平残部，吴平投海自杀，至此，东南沿海的倭患基本平息了。
荡平倭寇，让明朝政府有了稳定的外部环境，朝廷上下可以将精力集中到政治和经济的建设上来。
