安装htslib

最开始准备克隆代码,老是出错

git clone --recurse-submodules https://github.com/samtools/htslib.gitCloning into 'htslib'...

remote: Enumerating objects: 16587, done.

remote: Counting objects: 100% (864/864), done.

remote: Compressing objects: 100% (378/378), done.

remote: Total 16587 (delta 532), reused 616 (delta 460), pack-reused 15723

Receiving objects: 100% (16587/16587), 12.49 MiB | 151.00 KiB/s, done.

Resolving deltas: 100% (11944/11944), done.

Submodule 'htscodecs' (https://github.com/samtools/htscodecs.git) registered for path 'htscodecs'

Cloning into 'htscodecs'...

remote: Enumerating objects: 2170, done.

remote: Counting objects: 100% (545/545), done.

remote: Compressing objects: 100% (100/100), done.

error: RPC failed; result=18, HTTP code = 200B | 92.00 KiB/s

fatal: The remote end hung up unexpectedly

fatal: early EOF

fatal: index-pack failed

Clone of 'https://github.com/samtools/htscodecs.git' into submodule path 'htscodecs' failed

之后查看教程

wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.19/htslib-1.19.tar.bz2

tar -jxvf htslib-1.19.tar.bz2

cd htslib-1.19

./configure  --prefix=/where/to/install  #配置生成Makefile

make 

make install

对于sh或bash用户:export PATH=/安装路径/bin:$PATH

对于csh用户:setenv PATH /安装路径/bin:$PATH

htsfile --version

结果:

htsfile (htslib) 1.19

成功!

构建和安装

从源码构建每个需要的软件包非常简单:

cd samtools-1.x    # 同样的,对于bcftools和htslib也一样

./configure --prefix=/安装路径

make

make install

可执行程序将安装到指定前缀下的bin子目录中,因此你可能希望将该目录添加到你的$PATH环境变量中:

export PATH=/安装路径/bin:PATH    # 对于sh或bash用户

setenv PATH /安装路径/bin:PATH    # 对于csh用户

要构建和安装这些软件包,你可以按照以下步骤操作:

使用cd命令进入每个软件包的目录(samtools、bcftools和htslib)。例如,cd samtools-1.x。

使用configure脚本以--prefix选项运行,指定要安装软件包的位置。将/安装路径替换为所需的安装目录。例如,./configure --prefix=/安装路径。

使用make命令构建软件包。

使用make install命令安装软件包。

可选地,将安装路径的bin目录添加到你的$PATH环境变量中。这将允许你在任何地方运行可执行文件。

对于sh或bash用户:export PATH=/安装路径/bin:$PATH

对于csh用户:setenv PATH /安装路径/bin:$PATH

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 222,183评论 6 516
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 94,850评论 3 399
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 168,766评论 0 361
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 59,854评论 1 299
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 68,871评论 6 398
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 52,457评论 1 311
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 40,999评论 3 422
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 39,914评论 0 277
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 46,465评论 1 319
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 38,543评论 3 342
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 40,675评论 1 353
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 36,354评论 5 351
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 42,029评论 3 335
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 32,514评论 0 25
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 33,616评论 1 274
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 49,091评论 3 378
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 45,685评论 2 360

推荐阅读更多精彩内容