最开始准备克隆代码,老是出错
git clone --recurse-submodules https://github.com/samtools/htslib.gitCloning into 'htslib'...
remote: Enumerating objects: 16587, done.
remote: Counting objects: 100% (864/864), done.
remote: Compressing objects: 100% (378/378), done.
remote: Total 16587 (delta 532), reused 616 (delta 460), pack-reused 15723
Receiving objects: 100% (16587/16587), 12.49 MiB | 151.00 KiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (11944/11944), done.
Submodule 'htscodecs' (https://github.com/samtools/htscodecs.git) registered for path 'htscodecs'
Cloning into 'htscodecs'...
remote: Enumerating objects: 2170, done.
remote: Counting objects: 100% (545/545), done.
remote: Compressing objects: 100% (100/100), done.
error: RPC failed; result=18, HTTP code = 200B | 92.00 KiB/s
fatal: The remote end hung up unexpectedly
fatal: early EOF
fatal: index-pack failed
Clone of 'https://github.com/samtools/htscodecs.git' into submodule path 'htscodecs' failed
之后查看教程
wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.19/htslib-1.19.tar.bz2
tar -jxvf htslib-1.19.tar.bz2
cd htslib-1.19
./configure --prefix=/where/to/install #配置生成Makefile
make
make install
对于sh或bash用户:export PATH=/安装路径/bin:$PATH
对于csh用户:setenv PATH /安装路径/bin:$PATH
htsfile --version
结果:
htsfile (htslib) 1.19
成功!
构建和安装
从源码构建每个需要的软件包非常简单:
cd samtools-1.x # 同样的,对于bcftools和htslib也一样
./configure --prefix=/安装路径
make
make install
可执行程序将安装到指定前缀下的bin子目录中,因此你可能希望将该目录添加到你的$PATH环境变量中:
export PATH=/安装路径/bin:PATH # 对于sh或bash用户
setenv PATH /安装路径/bin:PATH # 对于csh用户
要构建和安装这些软件包,你可以按照以下步骤操作:
使用cd命令进入每个软件包的目录(samtools、bcftools和htslib)。例如,cd samtools-1.x。
使用configure脚本以--prefix选项运行,指定要安装软件包的位置。将/安装路径替换为所需的安装目录。例如,./configure --prefix=/安装路径。
使用make命令构建软件包。
使用make install命令安装软件包。
可选地,将安装路径的bin目录添加到你的$PATH环境变量中。这将允许你在任何地方运行可执行文件。
对于sh或bash用户:export PATH=/安装路径/bin:$PATH
对于csh用户:setenv PATH /安装路径/bin:$PATH