杀死永历帝是吴三桂身上永远不可能洗掉的污点。这也是后来他起兵反清而响应的人很少的原因。 有人说，为什么康熙都说算了，吴三桂却仍要残忍地杀死永历帝呢，对他什么好处呢？
一、杀不杀死永历帝，康熙说了不算
关于永历帝之死，历史上有两种说法： 一种是在吴三桂抓住永历后，和吴三桂一起的满将军定西将军爱星阿提出将永历皇帝押送至北京献俘，由朝廷进行处理。
但是吴三桂为确立自己的功劳，就力主将永历皇帝就地处决。于是他们就自己的意见，以奏折的形式上书朝廷，四个月之后，朝廷批复：仁皇帝命恩免献俘，着将永历帝正法。于是，吴三桂便亲自动手，用弓弦勒死了永历帝。
第二种说法是，吴三桂等人认为从云南至北京，路途遥远，在当时，反清复明的部队很多，很容易在路上发生意外，比如说被人劫走之类，建议就地处决，最后得到清廷的批准。
不管是哪一种说法，都是在云南处死永历帝，当时吴三桂建议斩首，但清将爱星阿说，永历尝为中国之君，今若斩首，未必太惨，仍当赐自尽，始为得体。 意思就是说，永历怎么说也是我中国的皇帝，如果将他以斩首的形式杀死，太过残酷，建议其自尽。
而当时的安南将军卓罗也说，一死而已，彼亦曾为君，全其首领可也。 意思是说：永历也曾经当过皇帝，还是给他留个全尸吧。
总之，非我族类，一个是满将军，一个是安南的将军，都曾经为永历求过情。只有当过明朝的将军，受过明朝恩惠的吴三佳，想要将其斩首，最后妥协，将永历帝及他的儿子用弓弦勒死。
这时，永历帝的儿子才12岁，临死前依然毫不畏惧，大骂吴三桂：你这个贼子，明朝有负于你吗，我父子有负于你吗？你为何苦苦相逼？
这事发生在1662年六月，也就是康熙元年，在这一年，年仅八岁的康熙登基为帝，不过由于年龄太小，当时的国事由辅政大臣索尼、鳌拜、苏克沙哈和遏必隆协同处理。一直到十五岁，康熙才亲政，所以在这件大事上，年仅八岁的康熙也不会有发言权。更不会说算了的。
二、永历帝死不死，对清朝意义重大
永历皇帝虽说没有实权，只是南明的一个傀儡皇帝，但作为朱家人，其象征意义很大的。永历帝活着，那些反清复明的人就有一个旗帜，整个南方还会有起义，清朝的统治就不会稳定。
这也是哪怕到了康熙四十七年，发生朱三太子案。据《清实录》记载，被怀疑为朱三的王士元自称“崇祯第四子”（即朱慈炤）。最终不管真假，依然被康熙处死的原因。
三、吴三桂杀死永历帝，是在给清廷纳投头状
吴三桂早期是山海关守将，在崇祯皇帝被李自成围困北京时，救援不及，导致了明朝的灭亡。他欲投降李自成，亲率所部进京谒见新皇帝李自成，途中又听闻大顺军在北京捉拿大批勋贵高官，拷掠追银，他父亲吴襄也在其中。而更刺激他的是，他的爱妾陈圆圆也被抢走了。相传吴三桂当时勃然大怒，厉声喊道：“大丈夫不能保一女子，何面目见人耶？当即挥师第二次返回山海关，降而复叛，上演了一幕绝世的“冲冠一怒为红颜”，为清廷定鼎中原立下了汗马之功。
但是作为一个降将，崇祯皇帝待他不薄，所以他怎么做，满清都不会太相信他。但当时，入主中原之后，主要的大仗又离不开吴三桂，对这种情况，吴三桂也是门清。
所以，他为了保全自己的荣华富贵，也为了向满清证明自己的忠心，就亲手勒死了永历帝，也算给满清纳了一道投名状。
结语
只可惜吴三桂哪怕被封为平西王，依然得不到满清的信任，而作为大一统中国的满清不可能一直忍受有云南藩这样的国中之国的存在，最终还是决定削藩。 而吴三桂无奈之下动手，起兵反清，但由于其杀死了永历帝这个黑点，也得不到中原汉人的信任。1678年，吴三桂在衡州（今衡阳市）登基为皇帝，国号大周，同年秋病逝。
