Multiqc安装

安装conda

conda下载网址：https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux/

##网络下载conda
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh

安装好后重启虚拟机，使用conda --version查看

conda --version结果

使用conda安装Mulitiqc

##安装python2环境
conda create --name python2 python=2.7 -c https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ -y
##激活python2
conda activate python2
##使用conda下载multiqc
conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

Multiqc整合使用

数据准备

使用prefetch下载目标SRR文件，这里以SRR21608304、SRR19963056、SRR19963069为例

##prefetch批量下载数据
prefetch SRR21608304 SRR19963056 SRR19963069
##prefetch下载的数据在家目录下的ncbi文件夹，去ncbi文件夹查看结果
cd ncbi/public/sra/
##查看下载结果
ll

prefetch批量下载数据

查看下载结果

##使用fastq-dump解压sra文件
 fastq-dump --gzip --split-3 SRR19963069.sra SRR19963056.sra SRR21608304.sra

解压后结果

使用fastqc进行数据质量评估

如下方命令，使用fastqc进行质量评估并使用-o参数将结果保存到家目录下MultiQC_test（要实现在家目录下建立该文件夹），当然也可以将6个压缩文件同时进行评估，为了方便观看，我将它们分开评估。

##使用fastqc进行质量评估
fastqc SRR19963056_1.fastq.gz SRR19963056_2.fastq.gz -o ~/MultiQC_test/
fastqc SRR19963069_1.fastq.gz SRR19963069_2.fastq.gz -o ~/MultiQC_test/
fastqc SRR21608304_1.fastq.gz SRR21608304_2.fastq.gz -o ~/MultiQC_test/
##切换到存放结果的目录
cd ~/MultiQC_test/
##查看结果
ll