发简信
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群体结构分析的绘图脚本，基于sns脚本 首先导入需要用到的包。--order和-n都是用于指定顺序的，有一个参数就可以了。其他都是必选参数。 核心的排序函数和绘图函数 读入数据，...
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寻找SV.vcf文件中是否含有某个片段的插入现在已知这个片段在3号染色体上，基本思路是先将vcf文件变成fa文件，然后用blastn处理。 第四列记录的是INS的序列内容 在实际操作过程中...
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重测序-筛去部分样品并统一编号
筛取vcf中的样品 samplelist_vcf.txt中按列排样本名即可 重命名，再转为bed文件 rename_snp.txt是一个两列文件...
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一个练习题
15-1 定义一个新的名为Circle的类表示圆形，它的属性有center和radius，其中center是一个Point对象，而radius是...
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GWAS中的曼哈顿图与QQ图（CMplot）
输入文件为exmma的输出ps文件，整理为ps2文件，格式如下 调用命令为
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基于sort和uniq的集合操作（简单明了）
sort:用于将文本文件内容加以排序 uniq:删除文件中重复的行，得到文件中唯一的行 交集 （用sort将a.txt b.txt文件进行排序，...
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从质控log文件中提取碱基过滤信息（python实现）
先准备文件路径 有些代码是可有可无的，忘了删了
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基于barcode拆分二代序列
为了节约成本，研究者们通常会把多个样品混在一个文库，并给不同样品加上一段 Barcode 序列。在后续的生物信息分析中，根据 Barcode 序...
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二代群体遗传与重测序（下）五.种群历史与基因交流 书接上回https://www.jianshu.com/p/0147afc3334c[https://www.jians...