跟着nature学作图:相关系数图篇

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“会模仿”又加以创造,不是更好吗?——鲁迅

今天要模仿和突破的是我们常用的“相关系数图”,来自于nature子刊scientific data,文章如下图所示:

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文章链接https://www.nature.com/articles/s41597-021-00809-x

代码及数据https://github.com/oxwang/SciData_scRNAseq

拟复现图片样式:Fig6

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代码实现

为了方便测试,大家可以进入基因云https://www.genescloud.cn)的“相关系数图”下载示例数据。 上面文章对应相关系数图核心代码如下。

# 导入数据
dat <- read.delim("data.txt",stringsAsFactor=FALSE,row.names=1)
# 计算相关系数
cor.dat <- cor(dat)
# 作图
corrplot::corrplot(cor.dat, 
            method = "number", 
            order="hclust", 
            rect.lwd = 1,
            addrect=3,  
            number.cex = 0.8, 
            tl.cex = 1, 
            cl.cex = 0.9,
            tl.col="black")
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数值相关系数图模仿成功,接下来我们考虑下如何进行再创造,升级突破下:

创造一: 如何实现方形、圆形、扇形等形状的相关系数图?
创造二: 如何实现多种图形及数字组合的相关系数图?
创造三: 如何在相关系数图中添加显著性标识?
......

如果要写代码的话,没有个上百行解决不了问题,有没有工具能够快速实现以上所有功能呢?正所谓君子善假与物也,下面给大家分享一款"派森诺基因云"的在线绘图小工具“相关系数图”,助您轻松get百种样式的相关系数图。

平台实现

1 提交绘图

登入基因云平台(https://www.genescloud.cn), 进入“相关系数图”页面,上传或者选择数据文件后,一键提交绘图即可。

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2 参数调整

(1)图表类型

基因云平台小工具提供了完整图、正/倒三角图等多种图形样式,供您自由切换选择。

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(2)图案样式:

相关性系数图提供了方形、椭圆、饼图等多种形状的选择,同时还支持不同图案的组合图,比如椭圆+饼图,方形+数字等等,总有一种样式让您称心如意。

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(3)系数值显示

系数值可以根据聚类算法、变量名称等多种形式进行排序呈现,还可以控制系数值的小数位数,以及值的显示与隐藏。

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(4) 显著性标识

当然,大家关心的显著性标识,形式也很丰富,可以显示图案、p-value数值 、空白,标识图案的形状、颜色、大小等都可以随意调整。

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好,今天就分享到这里了,希望能够对大家有所帮助。

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