太平道造反计划被泄露，洛阳城内一片白色恐怖，太平道的情报系统迅速行动起来，教主张角闻讯马上派出自己的信使，星夜通知太平道各方接到教主最新指示后立刻起义，当然，形势危急，起义仪式一律从简，大家只要头戴黄巾，证明自己都是革命同志就可以了，轰轰烈烈的黄巾起义爆发了，张角自称“天公将军”，两个弟弟张宝、张梁分别为“地公将军”、“人公将军”，太平道数十万教众一起作乱，东汉官方称之为“黄巾贼”，一时间，河南河北到处可见头裹黄巾的人群，攻打郡县官衙，诛杀地主豪强，挣扎在死亡线上的饥民也纷纷加入黄巾军，黄巾军犹如燎原之火，迅速烧遍华北大地，一时声势浩大，势不可挡，官军溃不成军，落荒而逃。
不到一个月的时间，黄巾军所到之处攻必取、战必克，势如破竹，如入无人之境，华北大量郡县失守，尤其是冀州、豫州，兖州东郡、荆州南阳更是黄巾军主力活跃的重灾区。
黄巾军一开始之所以势如破竹，顺利攻城略地，也有东汉王朝的帮助，东汉开国皇帝刘秀随着江山稳固，大量裁撤内地的郡国兵，地方郡县常备军事力量有限，当数十万黄巾军一起造反，东汉政府军一开始压根就挡不住。
汉灵帝为了镇压来势汹汹的黄巾之乱，把皇后何氏的哥哥河南尹何进被提升为大将军，统领左右羽林军，五营将士驻扎洛阳都亭，修理器械，守卫京师；又在洛阳周边的函谷、大谷、广城、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小平津等八道关隘 ，增设都尉驻防，防止黄巾军势力渗入京畿地区，确保京师稳定。又采纳北地太守皇甫嵩建议将包括自己卖官所得的私人钱财及西园良马拿出来犒赏士兵，提升军心士气。
朝廷以黄河为界，分兵河南河北两路讨伐，力图阻止黄河南北的黄巾军汇合。派遣北中郎将卢植、护乌桓中郎将宗员帅北军五校将士赴冀州与冀州本地军队会合进攻张角三兄弟指挥的冀州黄巾军；左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱俊统领五校，及河南、河内、河东三郡骑士，刚招募来的兵勇共步骑四万多人征讨在豫州颍川一带作乱的黄巾军，以解除黄巾军对京都洛阳最直接的军事威胁。
汉灵帝还允许各地州郡官府、豪强大族，自行招募、组建义兵参与抗击黄巾军，这为后来的军阀混战埋下隐患。
军事是政治的延续，汉灵帝不只进行军事部署，为了在统治阶层内部建立更广泛的反黄巾军联合统一战线，汉灵帝接纳皇甫嵩，掖庭令吕强的建议，下诏大赦党人，党人及其宗亲、姻亲允许再度入朝为官；被流放的党人及其家属可以重返故乡，防止被“禁锢”的党人转向和黄巾军合作，缓和统治集团内部矛盾；允许公卿推举将领子孙及民间能人到公车署接受官方考试。
士大夫和宦官两大势力在镇压黄巾军期间，双方在朝堂内的明争暗斗一直不断，但统治集团好歹在汉灵帝牵头领导下磕磕绊绊的联手共同镇压黄巾军。
黄巾军的大好形势，其实也就利好了两个月。
从光和七年（184年）五月开始，东汉政府军就开始进行反扑。五月皇甫嵩在颍川长社用火攻重创豫州黄巾军，并和朱儁，及京都来援的骑都尉曹操三面夹击，追杀黄巾军数万人，并乘胜追击讨平豫州的黄巾军，在六月平定豫州黄巾后，皇甫嵩、朱儁又进行分兵，皇甫嵩移师兖州东郡，镇压卜已率领的东郡黄巾；朱俊则移师南阳，会同荆州刺史徐璆及南阳太守秦颉攻打赵弘率领的南阳黄巾。
另一方面，在河北战场卢植率领政府军也取得军事优势，大败冀州黄巾，斩杀黄巾军一万多人，将张角、张梁部围在广宗城。
八月，皇甫嵩成功镇压东郡黄巾，于仓亭一战，又斩杀黄巾军七千人后，受命北上取代当时指挥冀州战事不力的东中郎将董卓负责平定冀州黄巾，十月，皇甫嵩攻破广宗，杀人公将军张梁，斩杀黄巾军三万多人，逼得黄巾军跳河而自杀者五万多人，在之前十月已病死了的太平道教主张角也被挖了出来，破棺戮尸，首级送回洛阳。
十一月，皇甫嵩与巨鹿太守郭典攻下曲阳，杀地公将军张宝，至此黄巾军三大领袖张角、张梁、张宝病死的病死，战死的战死。曲阳黄巾余部十多万人被皇甫嵩屠杀，并被皇甫嵩做成京观（京观就是胜军把败军的尸体，头颅，盖土夯实，堆成金字塔形的土堆），皇甫嵩为什么选择杀降？
我引用朱儁拒绝接受被围困的南阳黄巾军请降时说的一番话解答，“今海内一统，唯黄巾造寇，纳降无以劝善，讨之足以惩恶。今若受之，更开逆意，贼利则进战，钝则乞降，纵敌长寇，非良计也。”朱儁说的有道理吗？很有道理。黄巾军投降了，朝廷又怎么安排呢？充军？卸甲归田？充军谁知道什么时候可能倒戈，卸甲归田等官军走了指不定又拿起武器作乱？都是有可能成为社会不稳定因素，与其这样，不如杀了邀功，用来震慑后来者不敢造反岂不美滋滋的？皇甫嵩、朱儁两人，不管史书，还是历朝历代的评价都挺高的，是公认的一代名臣，可，在这两大名臣心中老百姓的命也就是那么回事。
同年十一月，朱儁率兵平定南阳黄巾，宣告大规模的黄巾之乱基本结束。黄巾大起义之所以坚持不到十个月就被镇压，和黄巾军领导层普遍缺乏军事战略素养有很大关系，张角等太平道师是出色的宗教传教者，但在军事领域是个外行，黄巾军如果能及时放弃对城池的坚守，转而效仿赤眉军采取流动作战的游击战术，黄巾主力应该会坚持更长时间，要知道黄巾余部后来仍坚持发展了很长时间，在冀州、并州、徐州、青州、兖州、豫州一带坚持作乱，给东汉朝廷和东汉军阀添了不少麻烦，曹操、袁绍两位北方豪雄起家时，黄巾余部没少给他们添乱子。更别说，黄巾起义被东汉王朝平定的同年十一月，西北这个东汉王朝老大难的问题又出大乱子了，凉州又一次有人反了，声势不下于黄巾之乱，如果黄巾起义能够多坚持一段时间，到时黄巾军，凉州军东西夹击，那中国历史的走向就很难说了。
黄巾大起义之所以被这么快的扑灭，政府军固然发挥了中流砥柱的作用，但控制地方庞大的物质资源和大量强人身依附的奴仆、部曲、佃户的地方豪族普遍支持东汉帝国组建义兵支持政府军参与打击黄巾军也有很大关系。
各地地主豪强其实才是维系一个庞大帝国统治的社会中坚力量，一个王朝要想长治久安就必须得到这些地方豪强的合作。只有他们才能提供足够的文武人才维护政权统治，只有他们才能将地方的粮食生产、兵器制造、兵源整编、盐铁军饷的可持续发展工作搞起来。
地方豪强的支持与否是一个政权能否短时间内迅速接管地方的关键力量。
而由底层百姓、流民组成的黄巾军是没有意愿把地方豪族笼络在自己一方的，他们只会把地方上的豪族逼到自己的对立面。黄巾军本质上就是一群流民穷鬼组成的，因为没有吃的才跟着张教主走上造反的邪路，造反后要吃的粮食从哪里来？只能抢别人的，既然是抢，那肯定少不了抢地方上有财有粮的地主豪强家，因为地主豪族家囤积的粮食多啊！
正如《三国志·魏书·文昭甄皇后传》记载，天下兵乱，加以饥馑，百姓皆卖金银珠玉宝物，时后家大有储谷，颇以买之。后年十馀岁，白母曰：“今世乱而多买宝物，匹夫无罪，怀璧为罪。又左右皆饥乏，不如以谷振给亲族邻里，广为恩惠也。”举家称善，即从后言。
被黄巾军打击而利益受损的地方豪族只会选择支持东汉帝国打击黄巾军，尽快恢复地方秩序稳定，维持他们的既定利益。
黄巾之乱在同年11月被基本平定，为了宣告自己的江山稳固，汉灵帝在同年年底12月，改年号“中平”，意为“帝国中兴，恢复太平”，但这只是汉灵帝的自我安慰。汉灵帝的种种骚操作，使得到死他的帝国，他的江山仍处在此起彼伏，无休止的军事叛乱中。
