在进行功能注释和通路注释之前，我们会先将差异蛋白与合适的数据库中的蛋白序列进行比对。目的一：很多物种目前研究的程度还很有限，关于这些物种的蛋白注释信息还很不完善。根据相似性原理，具有相似序列的蛋白可能也具有相似的功能，因此，我们可以将 BLAST 所得的同源蛋白的注释信息转嫁到我们关注的差异蛋白上，来完成对于差异蛋白尤其是研究程度不足的物种的差异蛋白的注释。目的二：我们在查库过程中，为了得到更多的蛋白质鉴定信息，我们大多使用 UniProt 数据库（含 SwissProt 和 TrEmbl：SwissProt 中的蛋白均经过人工校验，数据可靠性高，注释完整；TrEmbl 由基因组序列翻译而来，未经人工校验，注释信息不全）或 NCBI Protein 数据库（用户可任意提交序列，有冗余，信息不完善，质量很难保证），BLAST 一方面可以帮我们提高后续的注释效率，另一方面也可以帮助大致了解所鉴定的蛋白可能的名称和功能（尤其对于 uncharacterized protein，predicted protein，putative protein 等）。
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