物种丰富度长矩阵转化成宽矩阵

如图1所示为site(样点),species(物种),abun(物种丰富)长矩阵转化宽矩阵,收集了三种方法。

#方法一:使用reshape2()包,melth()函数,dcast()函数

df <- read.csv(file.choose(),header = T,row.names = 1)

#数据提取

library(reshape2)

md1<-melt(df,id=c("species","site"))

newdata<-dcast(md1,species~site)

#dcast(#species表示新的矩阵的行名,site代表的是新的矩阵的列名)

write.csv(newdata,file = "D:/juzhen/juzhen.csv")

#D:代表D盘,juzhen代表文件,juzhen.csv代表生成表名及格式。也可以write.table( newdata,file = "D:/juzhen/juzhen.csv")

#第二种方法(使用tidyverse()包,pivot_wider()函数

library(tidyverse)

#install.packages("rio")

library(rio)

df1<-df %>% pivot_wider(id_cols = species,names_from =site,values_from = abun )

#id_cols表示的是行名,names_from表示的是列名,values_from代表值。

export(df1,file="D:/juzhen/juzhen5.csv")

#export一种新的输出方式,是rio()包中的。

#第三种方法 tidyverse()包,中的tidyr::pivot_wider

library(tidyverse)

dff<-df%>%tidyr::pivot_wider(names_from = site,values_from = abun,values_fill = 0)%>% data.frame()

write.csv(dff,file = "D:/juzhen/juzhen4.csv")


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