一、二元论产生的背景
笛卡尔主张宇宙由自然定律来支配，那么问题来了：我们人的思想和行为受自然定律支配吗？如果人的思想和行为受自然定律的支配，那就说明人的自由意志是受到约束的，即人具有自由意志只是假象；如果人的思想和行为不受自然定律的支配，那就说明宇宙并不是全部都由自然定律来支配的。
为了保留人的自由意志，又不改变宇宙的自然定律，笛卡尔提出了“二元论”：人的思想是精神的，不受物理规则统治，具有自由意志；而人的肉体是物质的，遵循自然定律。
二、什么是二元论
二元论的核心观点是物质和精神是相互分离的，肉体和思想是相互分离的。
笛卡尔认为人是一个二元存在，人的肉体是物质的，能占据空间，能被拆分为更小的部分，且受物理条件制约；而人的思想是精神的，不占据空间，不能被拆分，可以自由思考，不受自然定律支配。
与二元论相对应的一元论认为：肉体是灵魂的载体，肉体没了，灵魂也就没了。
三、二元论的正面价值
二元论是笛卡尔作出的在当时看来比较完善的解释，这个解释有很大的正面价值。
二元论促使人类把心智、灵魂放一边，完全以纯机械的方式专心去研究物质世界。笛卡尔提出了“化约主义”——主张这个宇宙由一大堆物质零件组成，应该拆开来个别分析，即我们应该片面、孤立、静止地看问题。
似乎人类本能喜欢全面的、普遍的、发展的、联系的看问题，然而人类是做不到的，因为这是上帝的视角，不是人类的视角，人类无法一下子看清这个复杂的世界。
化约主义是现代科学研究最有威力的知识工具。它强调把事物先拆开来，逐个分别研究清楚，然后在此基础上提供归纳综合。
科学为什么能成功？就在于它脚踏实地，孤立的、静止的、片面的看问题，看出了一个有又一个真真切切存在的问题，然后把这些问题进行整合，就形成了科学发展的脉络。
四、二元论的缺陷
二元论被我们抛弃，最主要的问题是，缺乏一个合理的解释。比如，疾病可以说是魔鬼附身，也可以说是微生物入侵。魔鬼和微生物都看不见摸不着，更相信谁呢？得靠实践来检验。
可以找20个相同的病人做实验，分成两组，每组10人。第一组驱魔，第二组吃药。如果第一组驱魔有1个人好了，9个人没好，第二组吃药9个人好了，1个人没好。那就说明微生物入侵比魔鬼附身更可信。
因此，对于二元论中的精神和灵魂，如果可以有方法探测到，或者是二元论能精准的解释和预测很多现象，二元论就值得信任。然而，二元论之所以站不稳，是因为它解释不了很多现象，相反一元论就可以解释。
最典型的事实：1842年，采矿师盖奇在一次事故中，被一根铁棍穿脑而过，带走一大片大脑。他满脸鲜血，但是没有死。去医院包扎回来后，盖奇没有失明没有失聪没有变成弱智，但是他变成了另一个人：他控制不住自己的情绪，无法辨别是非，每隔几分钟就要骂一句。最终，他完全控制不住自己，用一根大粗棍打烂了自己的脑袋，结束了生命。
按照二元论的观点，肉体和灵魂是分离的，肉体受到损坏，应该不影响灵魂是一个完整的人。然而盖奇事件证明不是这样。
而一元论用脑科学的相关知识就很好解释：因为大脑中控制自我的那部分皮层遭受破坏，所以盖奇无法控制自己。而且，对另外一个人做同样的实验，还会出现和盖奇同样的结果。这就是科学理论的特征：可解释、可预测、可重复。
随着科学的日益昌明，我们知道，“心灵、意识”只是大脑的功能，二元论是不正确的。并不存在一个跟你相分离的另一个你。
五、如何理解自由意志
诺贝尔奖得主、生物学家、DNA发现人之一弗兰西斯.克里克在他的书《惊人的假说》中有一段话：
你、你的喜悦、悲伤、回忆、抱负，你对人格同一性的感知、你的自由意志……实际上，这一切，都不过是大量神经细胞集与其缔合分子的生理反应而已。你也好，我也好，这个世界上的一切人也好，大家都是一堆神经元。我们有信仰、我们有情操、有爱、有价值观、有梦想……这些东西，无非都是软件运行的结果。这个运行的处理器，就是宇宙中最精密的仪器——人类大脑。
人的肉体好比电脑的硬件，人的心灵好比电脑的软件。我们的各种欲望，其实都来自于DNA的程序编码。我们的大部分自由意志，可以说是一种幻觉。
例如，我现在想举手回答问题，我就举手了。看似是自由意志，但是为什么想举手呢？背后是有原因的——因为我想证明自己。自由意志不等于可以斩断因果，我们一切自由意志的行为并不是没有原因的。我想这么做，于是就这么做，而为什么会想这么做，是自由意志最大的盲点。我们可以根据自由意志来行动，然而，我们却无法控制自由意志的产生。
我们会被美丽的人吸引，这并不是自由意志，这只是基因的程序，是本能；我们被别人揍一顿，会不由自主的产生生气的情绪，或许我们可以选择压制情绪，但是我们无法控制这种情绪不产生。
我们不由自主的产生着爱恨悲欢，却误以为这是自由意志，其实这只是人类的弱点（知道又能改的，叫缺点；知道却不能改的，叫弱点），这些弱点都是基因程序设计好的，我们只能适应、调整，无法彻底更改。
