10X单细胞WGCNA分析联合10X空间转录组WGCNA分析

各位同学,大家好,今天我们继续WGCNA的分析点,这一次,我们需要联合两种技术,10X单细胞和10X空间转录组,也就是在多组学层面上分析WGCNA得到的模块,关于WGCNA,之前也分享过,文章在10X单细胞(10X空间转录组)做WGCNA分析的智慧,但智慧有了,还要升华,才能为我所用,祝我成功。

10X单细胞做WGCNA不必多言,大家应该都了解的很深了,WGCNA技术很早就有,如果你已经做了10X单细胞分析有一年以上,还不明白10X单细胞做WGCNA的意义,拉出去枪毙五分钟。

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xia_A1.ModuleSampleRelation.png

这里的cluster 大家一定要注释,不进行注释的分析结果都是耍流氓。这些图值得关注的点,上篇文章已经分享过了,这里不在赘述。

模块的下游分析策略

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那么根据这个策略,大家就应该会分析得到下面的结果

首先是cluster之间的网络关系(这个图不会的,做了单细胞分析有一年以上的,面壁去)

18814178-05e03caa3ad9199a.png

然后是模块功能网络

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接下来看10X空间转录组的WGCNA(空间模块和形态学)

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各个模块和空间层级的关系,很重要

上次文章提到的思路,大家好好看看,10X单细胞分析得到的模块也可以运用于空间,这个时候,不知道大家有没有深刻的理解。(没有的话, 好好学习吧)

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10X单细胞和10X空间转录组模块的关联

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这个关联,显示的是从两个角度来看待共表达模块的问题,意义重大, 尤其发育。

生活很好, 你不加油,不进则退了

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