先反思之前的问题:
之前下载了SRA数据后,进行分割,运行如下命令
/home/whu/program_and_files/sratookit.2.10.0/bin/fastq-dump-orig.2.10.0 --split-s /home/whu/mm/SRA/SRR9656395
SRAtoolkit软件会终止或者退出,而且每次生成的fastq文件大小不一,遂放弃SRA数据库,直接使用EBI数据库直接分好的fastq数据,后期sam文件转化不成bam文件,又回过来分析原因
找到一个帖子:
https://www.cnblogs.com/zypiner/p/13187648.html
根据里面的建议和ncbi的官方指导,进行软件配置
重新找该软件原因,发现下面的报错命令
This sra toolkit installation has not been configured.
Before continuing, please run: vdb-config --interactive
For more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/
按照提示输入vdb-config --interactive发现是个终端
此时查看ncbi官网的安装介绍
https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/02.-Installing-SRA-Toolkit
一步步按照linux的安装流程来,第五步出现上面说的终端行
官方介绍:
可以直接进行2,按下c进入配置信息,这里要提前建好一个空文件夹,用来存放用户的各种命令信息,然后在流程中选择这个文件夹就行
配置后的样子
选择云保存
然后按下s保存信息退出,
这时再输入
fastq-dump
发现配置完成
说明:不同的版本该软件需要重新配置
所以:官方指导才是正途,不要道听途说,人云亦云,人家可能有厉害的师兄师姐早就配置好了
遇到问题即时解决,不要想着跳过,否则后期工作量更大