TPM (推荐软件,RSEM/Stringtie) 的计算公式:
TPMi=(Ni/Li)*1000000/sum(Ni/Li+……..+ Nm/Lm)
Ni:mapping到基因i上的read数; Li:基因i的外显子长度的总和
TPM,Transcripts Per Kilobase Million
计算方法也同RPKM/FPKM类似,先对每个基因的read数用基因的长度进行
校正,之后再用校正后的这个基因read数(Ni/Li)与校正后的这个样本的所有
read数(sum(Ni/Li+……..+ Nm/Lm))求商,最后再乘以10^6,TPM可以
看作是RPKM/FPKM值的百分比。