echo " Hello Miniconda "
Hello Miniconda

上思维导图——

day3 linux软件安装

一、Miniconda——linux的app store

如题，Miniconda确实如同linux的app store，通过整合下载软件安装包，使得不需要每次都通过网页链接下载软件，降低软件下载安装的难度。详细介绍见：生信小白第3天-linux的App Store (qq.com)。
各命令对应作用见思维导图，这里通过注释进行一个纯命令行界面的操作整合（不包含命令运行结果）。

cd ~/biosoft
#通过下载链接下载
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

#安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

#点击回车或者输入yes继续

#激活
source ~/.bashrc

#添加镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

#查看软件列表
conda list

miniconda安装成功

二、安装软件——以软件fastqc为例

#安装软件
conda install fastqc -y

#通过查看帮助信息，检验软件是否安装成功
fastqc --help

#卸载软件 
conda remove fastqc -y

这里的fastqc软件在上一步中已经加入了软件列表。

三、conda 环境

# 查看当前所有conda环境
conda info --envs

#建立一个名叫rnaseq的conda环境
#指定python版本为3
#安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

#再次查看当前conda环境
conda info --envs

#激活新的conda环境
conda activate rna-seq

#通过查看帮助，检验新环境能否正常使用，作用同fastqc --help
fastqc

#退出当前环境
conda deactivate 

激活新环境

退出新环境

切换conda环境主要用于解决不同项目需要不同软件、或不同软件版本的问题。

按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。