Linux
本文教程的主要内容源自于微信公众号生信星球
1.Linux是什么
Linux是一个操作系统，与Mac及Windows类似，以开源、免费、稳定、安全为特点。
（1）Linux应用场景
主要为supercomputer（服务器）
（2）权限控制
服务器支持很多用户同时使用，相互独立
（3）命令行模式
区别于windows的图形界面，linux的操作靠命令行来实现
（4）目录结构
目录相当于windows的文件夹，linux系统没有C/D/E/F盘，文件系统呈树状。用户无法像登陆Windows系统“我的电脑”那样登陆Linux系统的类似级别目录，用户所能达到的最高级目录为“宿主目录”，即用于登陆时所在的目录，宿主目录放在home目录下。
2.为什么生信分析需要基于linux系统？
因为生物软件基于linux，系统开源、免费，不需要图形界面，有效节约资源。命令行模式可以批量、高效地处理文件，满足数据分析的要求。当需要跑几十、几百G数据时，用windows，电脑无法承担。
3.如何使用Linux系统
（1）单纯linux系统
可使用闲置电脑，用U盘安装纯Linux系统，推荐使用CentOS或Ubuntu，全过程约20分钟
（2）Windows10系统搭载的Linux
win10 内置了Linux子系统，且非“虚拟化”版本，可以原生运行在Windows10上，称为windows subsystem for Linux。
a.开启子系统
参照网络教程，并下载ubuntu
b.更新
sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo 代表管理员，apt相当于install（安装）
（3）Windows7系统安装Linux
如果电脑配置不是很好的话，不推荐安装虚拟机和双系统，会很耗内存；一般的电脑配置（i3、i5CPU + 4G内存）推荐使用git bash ，有32位和64位选择。
（4）Mac上的Linux
不需要安装任何东西，自带terminal，直接使用；或者使用界面更好看的iterms
（5）本地服务器上的Linux
若实验室现有配置还不错的服务器，则可以非常方便地拷贝数据以及快速熟悉系统，登录方法和云服务器一样。
（6）云服务器上的Linux
实战处理数据时，如果电脑配置不够，则需要用到服务其。远程登陆服务器需要下载免安装软件putty，需要ip地址和用户名就可以登录。
a.登陆方式
（a）Mac系统
Mac 直接在terminal页面操作：
ssh 用户名@ip地址，例如ssh bio03@120.110.xxx，具体以邮件为准。
（a）Windows系统
下载并安装xshell软件，具体的操作流程可参考https://www.jianshu.com/p/8a340b103a41
软件下载地址：
腾讯微云 密码：gh8ca7
百度网盘 提取码: cnrv
4.Linux高频命令
（1）pwd
pwd: print working directory，即显示当前路径
（2）mkdir
mkdir: make directory-- 创建你的空目录
#mkdir示例如下：
mkdir biosoft #存放生信软件
mkdir project #存放生信项目
mkdir tmp #存放一些杂七杂八
mkdir src #存放源代码
mkdir -p tmp/tmp1/tmp1.1 #若所要建立目录的上层目录目前尚未建立，则会一并建立上层目录
（3）ls
ls 显示列表，目录和文件均可显示
ls -1 输出长格式列表
（4）rm
删除的操作对象分为三类：普通文件、空目录、有内容的目录
删除文件--rm
删除空目录--rmdir
删除非空目录--rm -r #多级目录一并删除
删除非空目录--rm -rf #强制删除多级目录，不给任何提示
★这些命令后面都要跟上要删除的目录名，如果rm -rf后面不加目录名，后果十分可怕，服务器的所有东西均会被删除！！！
（5）cd
cd后接目录名，表示进入该目录
cd -返回刚才的目录
cd ~进入主目录
mkdir rm_test
cd rm_test
touch doodle.txt #touch是正经的新建命令，但是不如vi好使，vi是直接新建并打开编辑。
mkdir huahua
cd huahua
touch haha.txt
cd ..
（6）vi
vi 新建脚本或者文本文档（vi是linux中的文本编辑器）
cd tmp
vi hello_world.txt
#先保证电脑切换到了英文输入法，然后敲i键，就可以输入了
#写下你的感悟～几行简短的英文
# 按Esc键 #退出编辑模式
:x #在左下角输入，意思是保存并退出
（7）cat
cat接文本文件的名字，查看并直接将文本文件的内容输出到屏幕。要退出cat，是摁一下q，否则无法运行后续命令。
head 默认输出前10行，tail默认输出后10行，后面加上-n 自定义输出几行
例如：head -n 3 hello_world.txt 【注意-n与head之间有空格，-n和3之间空格可有可无】
（8）cp
cp为复制文件，cp file1 file2
（9）mv
mv 将文件移入文件夹，或者重命名
使用：mv file 路径 为移动file到某路径下
使用：mv file1 file2 为将file1重命名为file2
（10）linux自动补全
自行检索
（11）查看Linux系统版本、内存与硬盘空间
lsb_release -a #查看系统版本
df -lm #查看硬盘空间情况
free -m #查看内存
5.深入学习Linux
- 推荐马哥Linux视频课程，课程比较长，建议1.25倍速，可在B站获取全套视频。
- Linux命令大全
