一、下载miniconda
- Google搜索miniconda 清华，找到镜像，点击miniconda下载
- 用Xftp传到Linux系统
二、安装并激活miniconda
- 用bash命令 miniconda的安装包，按照提示安装；
- 激活miniconda，用source ~/.bashrc ,输入conda,出现满屏信息，说明激活成功；
- 添加镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
三、使用miniconda
- 查看当前服务器上安装的所有软件列表
命令 conda list
- 搜索conda软件
命令 conda search fastqc（这里查找的是质控软件fastqc）
- 安装软件
命令 conda install fastqc -y
- 卸载软件
命令 conda remove fastqc -y
四、选修内容
- conda 环境（分身）
- 查看当前conda有哪些环境
命令 conda info --envs
- 新建环境
命令 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
（新建一个rna-seq 基于python3的环境，并下载fastqc和trimmomatic这两个软件。）
- 激活新的conda环境
命令 conda activate rna-seq
- 退出当前环境
命令 conda deactivate
