学习小组Day3笔记--乳酸君

就像在windows或Mac系统上一样，当我们拿到一个新的电脑或手机的时候，我们会根据我们的需要安装不同的软件，比如我们可能会安装微信用来社交、安装word等软件用于办公。而今天的学习内容则是有关在Linux上安装和管理软件的基本操作。

包管理系统（PMS）

为了方便软件的安装，Linux的开发人员将软件包打包成更易于安装的预编译包，就像买了处理好并且搭配好了的食材，不用像自己买菜一样从头开始挑选还要担心是不是忘记买了什么食材。而有这样一个系统，则能够对我们究竟买了什么菜、菜的新鲜程度等进行了记录，这就是所谓的包管理系统。简而言之，它主要可以做下面这些事情：

  • 记录Linux上已经安装了什么软件（买了什么菜）
  • 记录每个包安装了什么文件（这个菜搭配了什么调料）
  • 记录每个已安装软件包的版本（这个菜是否新鲜）
  • 搜索新的软件包或对已有的进行更新（发现更新鲜的菜）
  • 检测包之间的依赖关系，并事先安装额外的软件包（菜的搭配）

Conda简介

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。

教程中对它进行了非常形象的比喻，将它比作Linux系统上的Appstore，再结合之前对包管理系统的定义，脑海便大致有了比较形象的画面。唯一不同的是，我们没法用鼠标进行点击，而是在用一行行代码，在这里进行操作。我们可以将conda理解为一个工具，同时它也是一个可执行命令。

Conda、Anaconda和Miniconda

CONDA家族关系图

就像图里所展示的一样，Miniconda包含了Conda、Python以及一些比较基础的软件包，可以用小而精悍来形容。所以教程中也使用了“专一”来形容它，对于生信领域也及其合适。

而Anaconda则更像是一个大礼包，除了Conda、某个版本的Python之外，还有很多丰富的软件包、科学计算工具等，可以说是在Miniconda的基础上又进行了补充和添加。

Miniconda的下载、安装

  • 搜索Miniconda的清华镜像


    搜索Miniconda清华
  • 选择进入Miniconda镜像使用帮助当中的链接:Miniconda链接
    Miniconda镜像使用帮助
  • 查看服务器的位数，命令为uname -a，可以看到本机为x86_64
bio06@VM-0-10-ubuntu:~$ client_loop: send disconnect: Broken pipe
zhuyimingdeMacBook-Pro:~ maxxie$ uname -a
Darwin zhuyimingdeMacBook-Pro.local 19.5.0 Darwin Kernel Version 19.5.0: Tue May 26 20:41:44 PDT 2020; root:xnu-6153.121.2~2/RELEASE_X86_64 x86_64
zhuyimingdeMacBook-Pro:~ maxxie$

  • 找到对应位数最新版本，复制下载链接


    选择正确位数、最新版本

  • 登录服务器，定位到biosoft目录下，使用wget 下载链接命令进行下载

bio06@VM-0-10-ubuntu:~$ cd biosoft #定位到biosoft目录
bio06@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ pwd #查看当前工作目录
/home/bio06/biosoft
bio06@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #wget命令+下载链接下载Miniconda
--2020-09-27 18:58:48--  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
Resolving mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)... 101.6.8.193, 2402:f000:1:408:8100::1
Connecting to mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)|101.6.8.193|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 93052469 (89M) [application/octet-stream]
Saving to: ‘Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh’

Miniconda3-latest-L 100%[===================>]  88.74M  3.88MB/s    in 24s     

2020-09-27 18:59:12 (3.71 MB/s) - ‘Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh’ saved [93052469/93052469]
  • 利用bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh命令进行安装，再过程中有continue的就按Enter键，有需要按yes/no的则输入yes，经历一系列安装过程后，出现下面的界面说明安装成功：
==> For changes to take effect, close and re-open your current shell. <==

If you'd prefer that conda's base environment not be activated on startup, 
   set the auto_activate_base parameter to false: 

conda config --set auto_activate_base false

Thank you for installing Miniconda3!
  • miniconda的激活，命令为source ~/.bashrc，再输入conda，出现下面信息说明成功：
(base) bio06@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ source ~/.bashrc
(base) bio06@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda
usage: conda [-h] [-V] command ...

conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.

Options:

positional arguments:
  command
    clean        Remove unused packages and caches.
    config       Modify configuration values in .condarc. This is modeled
                 after the git config command. Writes to the user .condarc
                 file (/home/bio06/.condarc) by default.
    create       Create a new conda environment from a list of specified
                 packages.
    help         Displays a list of available conda commands and their help
                 strings.
    info         Display information about current conda install.
    init         Initialize conda for shell interaction. [Experimental]
    install      Installs a list of packages into a specified conda
                 environment.
    list         List linked packages in a conda environment.
    package      Low-level conda package utility. (EXPERIMENTAL)
    remove       Remove a list of packages from a specified conda environment.
    uninstall    Alias for conda remove.
    run          Run an executable in a conda environment. [Experimental]
    search       Search for packages and display associated information. The
                 input is a MatchSpec, a query language for conda packages.
                 See examples below.
    update       Updates conda packages to the latest compatible version.
    upgrade      Alias for conda update.

optional arguments:
  -h, --help     Show this help message and exit.
  -V, --version  Show the conda version number and exit.

conda commands available from other packages:
  env
  • 添加镜像，复制粘贴下列命令运行即可，这里使用的是清华的镜像。同时看了一些镜像添加的教程，国内除了清华还有北外等镜像，在这里留个更加详细的教程地址：安装教程 
# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes #显示安装的频道
conda config --get channels #查看已经添加的channels，这里说明已经安装成功
--add channels 'defaults'   # lowest priority
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda'   # highest priority

Conda常见命令

由于命令一般比较简短，但是结果可能会很长，因此将学习到的命令先放在最前面进行总结，而在下面进行具体结果的展示。忘记某项命令时只需看前面的记录即可，同时方便不断补充更新：

#软件包相关
conda list #列出当前软件包
conda search requests #搜索软件包
conda install requests #安装软件包，后面加-y则全选yes
which requests #查看软件包安装的位置
conda install -n 环境名 requests #指定环境安装软件包
conda remove requests #移除软件包
#环境相关
conda info -e #或者 conda info --env，查看当前环境列表
conda create -n 环境名 python=版本 #创建新的环境（可同时安装软件包）
conda activate 环境名 #激活环境
conda deactivate #退出环境
conda remove -n 环境名 --all #移除某环境
conda create -n python2 --clone py2 #先克隆一个环境（原：py2,新：python2）
conda remove -n py2 --all #再移除原来的环境，从而实现环境的重命名
#更新相关
conda update requests #更新软件包，可指定环境
conda update conda #更新conda,保持conda最新
conda update anaconda #更新anaconda
conda update python #更新python
  • 查看当前环境下已安装的包conda list 
conda list
(base) bio06@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda list
# packages in environment at /home/bio06/miniconda3:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                        main    defaults
ca-certificates           2020.1.1                      0    defaults
certifi                   2020.4.5.1               py38_0    defaults
cffi                      1.14.0           py38he30daa8_1    defaults
chardet                   3.0.4                 py38_1003    defaults
conda                     4.8.3                    py38_0    defaults
conda-package-handling    1.6.1            py38h7b6447c_0    defaults
cryptography              2.9.2            py38h1ba5d50_0    defaults
idna                      2.9                        py_1    defaults
ld_impl_linux-64          2.33.1               h53a641e_7    defaults
libedit                   3.1.20181209         hc058e9b_0    defaults
libffi                    3.3                  he6710b0_1    defaults
libgcc-ng                 9.1.0                hdf63c60_0    defaults
libstdcxx-ng              9.1.0                hdf63c60_0    defaults
ncurses                   6.2                  he6710b0_1    defaults
openssl                   1.1.1g               h7b6447c_0    defaults
pip                       20.0.2                   py38_3    defaults
pycosat                   0.6.3            py38h7b6447c_1    defaults
pycparser                 2.20                       py_0    defaults
pyopenssl                 19.1.0                   py38_0    defaults
pysocks                   1.7.1                    py38_0    defaults
python                    3.8.3                hcff3b4d_0    defaults
readline                  8.0                  h7b6447c_0    defaults
requests                  2.23.0                   py38_0    defaults
ruamel_yaml               0.15.87          py38h7b6447c_0    defaults
setuptools                46.4.0                   py38_0    defaults
six                       1.14.0                   py38_0    defaults
sqlite                    3.31.1               h62c20be_1    defaults
tk                        8.6.8                hbc83047_0    defaults
tqdm                      4.46.0                     py_0    defaults
urllib3                   1.25.8                   py38_0    defaults
wheel                     0.34.2                   py38_0    defaults
xz                        5.2.5                h7b6447c_0    defaults
yaml                      0.1.7                had09818_2    defaults
zlib                      1.2.11               h7b6447c_3    defaults
  • 查找package信息conda search requests 
(base) bio06@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda search fastqc # 查找质控软件fastqc
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel             
fastqc                        0.10.1               0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.10.1               1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.2               1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.2      pl5.22.0_0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.3               0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.3               1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.4               0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.4               1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.4               2  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.5               1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.5               4  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.5      pl5.22.0_2  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.5      pl5.22.0_3  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.6               2  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.6      pl5.22.0_0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.6      pl5.22.0_1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.7               4  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.7               5  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.7               6  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.7      pl5.22.0_0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.7      pl5.22.0_2  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.8               0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.8               1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.8               2  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.9               0  anaconda/cloud/bioconda
  • 安装package conda install requests，如果需要在安装过程中全部选yes可在后面加入参数-y，否则会需要持续输入。

注意：默认安装的为最新版本，如果需要安装较旧的版本，可以在后面加上Version号（见上面搜索结果），如conda install fastqc=0.11.7 -y

(base) bio06@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda install fastqc -y
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done


==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
  current version: 4.8.3
  latest version: 4.8.5

Please update conda by running

    $ conda update -n base -c defaults conda



## Package Plan ##

  environment location: /home/bio06/miniconda3

  added / updated specs:
    - fastqc


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    ca-certificates-2020.6.20  |       hecda079_0         145 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    certifi-2020.6.20          |   py38h32f6830_0         151 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    conda-4.8.5                |   py38h32f6830_1         3.1 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    fastqc-0.11.9              |                0         9.7 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
    font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37|       hab24e00_0         388 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    fontconfig-2.13.1          |    h1056068_1002         365 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    freetype-2.10.2            |       he06d7ca_0         905 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    icu-67.1                   |       he1b5a44_0        12.9 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libiconv-1.16              |       h516909a_0         1.4 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libpng-1.6.37              |       hed695b0_2         359 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libuuid-2.32.1             |    h14c3975_1000          26 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libxml2-2.9.10             |       h68273f3_2         1.3 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    openjdk-10.0.2             |    h14c3975_1015       189.2 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    openssl-1.1.1h             |       h516909a_0         2.1 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    perl-5.30.3                |       h516909a_1        16.4 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    python_abi-3.8             |           1_cp38           4 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:       238.3 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  fastqc             anaconda/cloud/bioconda/noarch::fastqc-0.11.9-0
  font-ttf-dejavu-s~ anaconda/cloud/conda-forge/noarch::font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37-hab24e00_0
  fontconfig         anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::fontconfig-2.13.1-h1056068_1002
  freetype           anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::freetype-2.10.2-he06d7ca_0
  icu                anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::icu-67.1-he1b5a44_0
  libiconv           anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libiconv-1.16-h516909a_0
  libpng             anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libpng-1.6.37-hed695b0_2
  libuuid            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libuuid-2.32.1-h14c3975_1000
  libxml2            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libxml2-2.9.10-h68273f3_2
  openjdk            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::openjdk-10.0.2-h14c3975_1015
  perl               anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::perl-5.30.3-h516909a_1
  python_abi         anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::python_abi-3.8-1_cp38

The following packages will be UPDATED:

  ca-certificates     pkgs/main::ca-certificates-2020.1.1-0 --> anaconda/cloud/conda-forge::ca-certificates-2020.6.20-hecda079_0
  certifi              pkgs/main::certifi-2020.4.5.1-py38_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::certifi-2020.6.20-py38h32f6830_0
  conda                       pkgs/main::conda-4.8.3-py38_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::conda-4.8.5-py38h32f6830_1
  openssl              pkgs/main::openssl-1.1.1g-h7b6447c_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::openssl-1.1.1h-h516909a_0



Downloading and Extracting Packages
certifi-2020.6.20    | 151 KB    | ############################################################################################# | 100% 
fastqc-0.11.9        | 9.7 MB    | ############################################################################################# | 100% 
openssl-1.1.1h       | 2.1 MB    | ############################################################################################# | 100% 
freetype-2.10.2      | 905 KB    | ############################################################################################# | 100% 
conda-4.8.5          | 3.1 MB    | ############################################################################################# | 100% 
perl-5.30.3          | 16.4 MB   | ############################################################################################# | 100% 
icu-67.1             | 12.9 MB   | ############################################################################################# | 100% 
libxml2-2.9.10       | 1.3 MB    | ############################################################################################# | 100% 
fontconfig-2.13.1    | 365 KB    | ############################################################################################# | 100% 
openjdk-10.0.2       | 189.2 MB  | ############################################################################################# | 100% 
libpng-1.6.37        | 359 KB    | ############################################################################################# | 100% 
python_abi-3.8       | 4 KB      | ############################################################################################# | 100% 
ca-certificates-2020 | 145 KB    | ############################################################################################# | 100% 
libuuid-2.32.1       | 26 KB     | ############################################################################################# | 100% 
libiconv-1.16        | 1.4 MB    | ############################################################################################# | 100% 
font-ttf-dejavu-sans | 388 KB    | ############################################################################################# | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done

安装成功后，再次conda list，便可以发现fastqc已经被添加进列表中了。

  • 删除package conda remove requests，同上也可以加入-y参数以便在卸载过程中全部选择yes。卸载成功后再次conda list便可发现目标的包已经不存在了。
(base) bio06@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda remove fastqc -y
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /home/bio06/miniconda3

  removed specs:
    - fastqc


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    _libgcc_mutex-0.1          |      conda_forge           3 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    _openmp_mutex-4.5          |            1_gnu          22 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    brotlipy-0.7.0             |py38h1e0a361_1000         346 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    cffi-1.14.3                |   py38he30daa8_0         225 KB  defaults
    chardet-3.0.4              |py38h32f6830_1007         170 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    conda-package-handling-1.7.0|   py38h1e0a361_5         914 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    cryptography-3.1.1         |   py38h766eaa4_0         617 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    idna-2.10                  |     pyh9f0ad1d_0          52 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    ld_impl_linux-64-2.35      |       h769bd43_9         617 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libffi-3.3                 |       he6710b0_2          50 KB  defaults
    libgcc-ng-9.3.0            |      h24d8f2e_16         7.8 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libgomp-9.3.0              |      h24d8f2e_16         378 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libstdcxx-ng-9.3.0         |      hdf63c60_16         4.0 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    ncurses-6.2                |       he1b5a44_1         993 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pip-20.2.3                 |             py_0         1.1 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pycosat-0.6.3              |py38h1e0a361_1004         107 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pycparser-2.20             |     pyh9f0ad1d_2          94 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pyopenssl-19.1.0           |             py_1          47 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pysocks-1.7.1              |   py38h32f6830_1          27 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    readline-8.0               |       he28a2e2_2         281 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    requests-2.24.0            |     pyh9f0ad1d_0          47 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    ruamel_yaml-0.15.80        |py38h1e0a361_1002         260 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    setuptools-49.6.0          |   py38h32f6830_1         940 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    six-1.15.0                 |     pyh9f0ad1d_0          14 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    sqlite-3.33.0              |       h4cf870e_0         1.4 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    tk-8.6.10                  |       hed695b0_0         3.2 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    tqdm-4.49.0                |     pyh9f0ad1d_0          54 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    urllib3-1.25.10            |             py_0          92 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    wheel-0.35.1               |     pyh9f0ad1d_0          29 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xz-5.2.5                   |       h516909a_1         343 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    yaml-0.2.5                 |       h516909a_0          82 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    zlib-1.2.11                |    h516909a_1009         106 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:        24.3 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  _openmp_mutex      anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::_openmp_mutex-4.5-1_gnu
  brotlipy           anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::brotlipy-0.7.0-py38h1e0a361_1000
  libgomp            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libgomp-9.3.0-h24d8f2e_16

The following packages will be REMOVED:

  fastqc-0.11.9-0
  font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37-hab24e00_0
  fontconfig-2.13.1-h1056068_1002
  freetype-2.10.2-he06d7ca_0
  icu-67.1-he1b5a44_0
  libedit-3.1.20181209-hc058e9b_0
  libiconv-1.16-h516909a_0
  libpng-1.6.37-hed695b0_2
  libuuid-2.32.1-h14c3975_1000
  libxml2-2.9.10-h68273f3_2
  openjdk-10.0.2-h14c3975_1015
  perl-5.30.3-h516909a_1

The following packages will be UPDATED:

  cffi                                1.14.0-py38he30daa8_1 --> 1.14.3-py38he30daa8_0
  chardet                pkgs/main::chardet-3.0.4-py38_1003 --> anaconda/cloud/conda-forge::chardet-3.0.4-py38h32f6830_1007
  conda-package-han~ pkgs/main::conda-package-handling-1.6~ --> anaconda/cloud/conda-forge::conda-package-handling-1.7.0-py38h1e0a361_5
  cryptography       pkgs/main::cryptography-2.9.2-py38h1b~ --> anaconda/cloud/conda-forge::cryptography-3.1.1-py38h766eaa4_0
  idna                             pkgs/main::idna-2.9-py_1 --> anaconda/cloud/conda-forge::idna-2.10-pyh9f0ad1d_0
  ld_impl_linux-64   pkgs/main::ld_impl_linux-64-2.33.1-h5~ --> anaconda/cloud/conda-forge::ld_impl_linux-64-2.35-h769bd43_9
  libffi                                     3.3-he6710b0_1 --> 3.3-he6710b0_2
  libgcc-ng           pkgs/main::libgcc-ng-9.1.0-hdf63c60_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::libgcc-ng-9.3.0-h24d8f2e_16
  libstdcxx-ng       pkgs/main::libstdcxx-ng-9.1.0-hdf63c6~ --> anaconda/cloud/conda-forge::libstdcxx-ng-9.3.0-hdf63c60_16
  pip                 pkgs/main/linux-64::pip-20.0.2-py38_3 --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::pip-20.2.3-py_0
  pycosat            pkgs/main::pycosat-0.6.3-py38h7b6447c~ --> anaconda/cloud/conda-forge::pycosat-0.6.3-py38h1e0a361_1004
  pycparser                  pkgs/main::pycparser-2.20-py_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::pycparser-2.20-pyh9f0ad1d_2
  pyopenssl          pkgs/main/linux-64::pyopenssl-19.1.0-~ --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::pyopenssl-19.1.0-py_1
  pysocks                   pkgs/main::pysocks-1.7.1-py38_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::pysocks-1.7.1-py38h32f6830_1
  readline               pkgs/main::readline-8.0-h7b6447c_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::readline-8.0-he28a2e2_2
  requests           pkgs/main/linux-64::requests-2.23.0-p~ --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::requests-2.24.0-pyh9f0ad1d_0
  setuptools            pkgs/main::setuptools-46.4.0-py38_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::setuptools-49.6.0-py38h32f6830_1
  six                 pkgs/main/linux-64::six-1.14.0-py38_0 --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::six-1.15.0-pyh9f0ad1d_0
  sqlite                pkgs/main::sqlite-3.31.1-h62c20be_1 --> anaconda/cloud/conda-forge::sqlite-3.33.0-h4cf870e_0
  tk                         pkgs/main::tk-8.6.8-hbc83047_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::tk-8.6.10-hed695b0_0
  tqdm                          pkgs/main::tqdm-4.46.0-py_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::tqdm-4.49.0-pyh9f0ad1d_0
  urllib3            pkgs/main/linux-64::urllib3-1.25.8-py~ --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::urllib3-1.25.10-py_0
  wheel              pkgs/main/linux-64::wheel-0.34.2-py38~ --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::wheel-0.35.1-pyh9f0ad1d_0
  xz                         pkgs/main::xz-5.2.5-h7b6447c_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::xz-5.2.5-h516909a_1
  yaml                     pkgs/main::yaml-0.1.7-had09818_2 --> anaconda/cloud/conda-forge::yaml-0.2.5-h516909a_0
  zlib                    pkgs/main::zlib-1.2.11-h7b6447c_3 --> anaconda/cloud/conda-forge::zlib-1.2.11-h516909a_1009

The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:

  _libgcc_mutex           pkgs/main::_libgcc_mutex-0.1-main --> anaconda/cloud/conda-forge::_libgcc_mutex-0.1-conda_forge
  ncurses                 pkgs/main::ncurses-6.2-he6710b0_1 --> anaconda/cloud/conda-forge::ncurses-6.2-he1b5a44_1
  ruamel_yaml        pkgs/main::ruamel_yaml-0.15.87-py38h7~ --> anaconda/cloud/conda-forge::ruamel_yaml-0.15.80-py38h1e0a361_1002



Downloading and Extracting Packages
libgomp-9.3.0        | 378 KB    | ############################################################################################# | 100% 
requests-2.24.0      | 47 KB     | ############################################################################################# | 100% 
urllib3-1.25.10      | 92 KB     | ############################################################################################# | 100% 
cryptography-3.1.1   | 617 KB    | ############################################################################################# | 100% 
pysocks-1.7.1        | 27 KB     | ############################################################################################# | 100% 
idna-2.10            | 52 KB     | ############################################################################################# | 100% 
sqlite-3.33.0        | 1.4 MB    | ############################################################################################# | 100% 
ncurses-6.2          | 993 KB    | ############################################################################################# | 100% 
tqdm-4.49.0          | 54 KB     | ############################################################################################# | 100% 
chardet-3.0.4        | 170 KB    | ############################################################################################# | 100% 
libffi-3.3           | 50 KB     | ############################################################################################# | 100% 
yaml-0.2.5           | 82 KB     | ############################################################################################# | 100% 
pycosat-0.6.3        | 107 KB    | ############################################################################################# | 100% 
brotlipy-0.7.0       | 346 KB    | ############################################################################################# | 100% 
libgcc-ng-9.3.0      | 7.8 MB    | ############################################################################################# | 100% 
zlib-1.2.11          | 106 KB    | ############################################################################################# | 100% 
ld_impl_linux-64-2.3 | 617 KB    | ############################################################################################# | 100% 
libstdcxx-ng-9.3.0   | 4.0 MB    | ############################################################################################# | 100% 
pip-20.2.3           | 1.1 MB    | ############################################################################################# | 100% 
readline-8.0         | 281 KB    | ############################################################################################# | 100% 
setuptools-49.6.0    | 940 KB    | ############################################################################################# | 100% 
tk-8.6.10            | 3.2 MB    | ############################################################################################# | 100% 
six-1.15.0           | 14 KB     | ############################################################################################# | 100% 
pyopenssl-19.1.0     | 47 KB     | ############################################################################################# | 100% 
xz-5.2.5             | 343 KB    | ############################################################################################# | 100% 
cffi-1.14.3          | 225 KB    | ############################################################################################# | 100% 
wheel-0.35.1         | 29 KB     | ############################################################################################# | 100% 
_libgcc_mutex-0.1    | 3 KB      | ############################################################################################# | 100% 
conda-package-handli | 914 KB    | ############################################################################################# | 100% 
pycparser-2.20       | 94 KB     | ############################################################################################# | 100% 
ruamel_yaml-0.15.80  | 260 KB    | ############################################################################################# | 100% 
_openmp_mutex-4.5    | 22 KB     | ############################################################################################# | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
  • 查看当前环境 conda info --env，可以看到目前只有一个base环境。而前面的星号则说明了该环境为当前所处环境。
(base) bio06@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda info --env
# conda environments:
#
base                  *  /home/bio06/miniconda3
  • 新建一个环境conda create -n 环境名 python版本，具体示例如下面所展示。其中Python=多少为对Python版本的指定，同时conda会为我们寻找Python3中的最新版本。在下面的演示中，还在该环境中安装了fastqc和trimmomatic（可用一个命令完成，不需再额外安装），因此在结果中出现了与之前安装软件包类似的画面。
(base) bio06@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /home/bio06/miniconda3/envs/rna-seq

  added / updated specs:
    - fastqc
    - python=3
    - trimmomatic


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    alsa-lib-1.2.3             |       h516909a_0         560 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    cairo-1.16.0               |    h3fc0475_1005         1.5 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    gettext-0.19.8.1           |    hc5be6a0_1002         3.6 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    giflib-5.2.1               |       h516909a_2          80 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    glib-2.66.0                |       h0dae87d_0         3.5 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    graphite2-1.3.13           |    he1b5a44_1001         102 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    harfbuzz-2.7.2             |       hee91db6_0         1.8 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    jpeg-9d                    |       h516909a_0         266 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    lcms2-2.11                 |       hbd6801e_0         431 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libffi-3.2.1               |    he1b5a44_1007          47 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libtiff-4.1.0              |       hc7e4089_6         668 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libwebp-base-1.1.0         |       h516909a_3         845 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libxcb-1.13                |    h14c3975_1002         396 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    lz4-c-1.9.2                |       he1b5a44_3         203 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    openjdk-11.0.8             |       hacce0ff_0       173.3 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pcre-8.44                  |       he1b5a44_0         261 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pixman-0.38.0              |    h516909a_1003         594 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pthread-stubs-0.4          |    h14c3975_1001           5 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    python-3.8.5               |h1103e12_9_cpython        21.9 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    trimmomatic-0.39           |                1         142 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
    xorg-fixesproto-5.0        |    h14c3975_1002           8 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-inputproto-2.3.2      |    h14c3975_1002          18 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-kbproto-1.0.7         |    h14c3975_1002          26 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-libice-1.0.10         |       h516909a_0          57 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-libsm-1.2.3           |    h84519dc_1000          25 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-libx11-1.6.12         |       h516909a_0         917 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-libxau-1.0.9          |       h14c3975_0          13 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-libxdmcp-1.1.3        |       h516909a_0          18 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-libxext-1.3.4         |       h516909a_0          51 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-libxfixes-5.0.3       |    h516909a_1004          17 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-libxi-1.7.10          |       h516909a_0          45 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-libxrender-0.9.10     |    h516909a_1002          31 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-libxtst-1.2.3         |    h516909a_1002          31 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-recordproto-1.14.2    |    h516909a_1002           7 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-renderproto-0.11.1    |    h14c3975_1002           8 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-xextproto-7.3.0       |    h14c3975_1002          27 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-xproto-7.0.31         |    h14c3975_1007          72 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    zstd-1.4.5                 |       h6597ccf_2         712 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:       212.1 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  _libgcc_mutex      anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::_libgcc_mutex-0.1-conda_forge
  _openmp_mutex      anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::_openmp_mutex-4.5-1_gnu
  alsa-lib           anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::alsa-lib-1.2.3-h516909a_0
  ca-certificates    anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::ca-certificates-2020.6.20-hecda079_0
  cairo              anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::cairo-1.16.0-h3fc0475_1005
  certifi            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::certifi-2020.6.20-py38h32f6830_0
  fastqc             anaconda/cloud/bioconda/noarch::fastqc-0.11.9-0
  font-ttf-dejavu-s~ anaconda/cloud/conda-forge/noarch::font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37-hab24e00_0
  fontconfig         anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::fontconfig-2.13.1-h1056068_1002
  freetype           anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::freetype-2.10.2-he06d7ca_0
  gettext            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::gettext-0.19.8.1-hc5be6a0_1002
  giflib             anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::giflib-5.2.1-h516909a_2
  glib               anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::glib-2.66.0-h0dae87d_0
  graphite2          anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::graphite2-1.3.13-he1b5a44_1001
  harfbuzz           anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::harfbuzz-2.7.2-hee91db6_0
  icu                anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::icu-67.1-he1b5a44_0
  jpeg               anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::jpeg-9d-h516909a_0
  lcms2              anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::lcms2-2.11-hbd6801e_0
  ld_impl_linux-64   anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::ld_impl_linux-64-2.35-h769bd43_9
  libffi             anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libffi-3.2.1-he1b5a44_1007
  libgcc-ng          anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libgcc-ng-9.3.0-h24d8f2e_16
  libgomp            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libgomp-9.3.0-h24d8f2e_16
  libiconv           anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libiconv-1.16-h516909a_0
  libpng             anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libpng-1.6.37-hed695b0_2
  libstdcxx-ng       anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libstdcxx-ng-9.3.0-hdf63c60_16
  libtiff            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libtiff-4.1.0-hc7e4089_6
  libuuid            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libuuid-2.32.1-h14c3975_1000
  libwebp-base       anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libwebp-base-1.1.0-h516909a_3
  libxcb             anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libxcb-1.13-h14c3975_1002
  libxml2            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libxml2-2.9.10-h68273f3_2
  lz4-c              anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::lz4-c-1.9.2-he1b5a44_3
  ncurses            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::ncurses-6.2-he1b5a44_1
  openjdk            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::openjdk-11.0.8-hacce0ff_0
  openssl            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::openssl-1.1.1h-h516909a_0
  pcre               anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::pcre-8.44-he1b5a44_0
  perl               anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::perl-5.30.3-h516909a_1
  pip                anaconda/cloud/conda-forge/noarch::pip-20.2.3-py_0
  pixman             anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::pixman-0.38.0-h516909a_1003
  pthread-stubs      anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::pthread-stubs-0.4-h14c3975_1001
  python             anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::python-3.8.5-h1103e12_9_cpython
  python_abi         anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::python_abi-3.8-1_cp38
  readline           anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::readline-8.0-he28a2e2_2
  setuptools         anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::setuptools-49.6.0-py38h32f6830_1
  sqlite             anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::sqlite-3.33.0-h4cf870e_0
  tk                 anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::tk-8.6.10-hed695b0_0
  trimmomatic        anaconda/cloud/bioconda/noarch::trimmomatic-0.39-1
  wheel              anaconda/cloud/conda-forge/noarch::wheel-0.35.1-pyh9f0ad1d_0
  xorg-fixesproto    anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-fixesproto-5.0-h14c3975_1002
  xorg-inputproto    anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-inputproto-2.3.2-h14c3975_1002
  xorg-kbproto       anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-kbproto-1.0.7-h14c3975_1002
  xorg-libice        anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libice-1.0.10-h516909a_0
  xorg-libsm         anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libsm-1.2.3-h84519dc_1000
  xorg-libx11        anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libx11-1.6.12-h516909a_0
  xorg-libxau        anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxau-1.0.9-h14c3975_0
  xorg-libxdmcp      anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxdmcp-1.1.3-h516909a_0
  xorg-libxext       anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxext-1.3.4-h516909a_0
  xorg-libxfixes     anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxfixes-5.0.3-h516909a_1004
  xorg-libxi         anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxi-1.7.10-h516909a_0
  xorg-libxrender    anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxrender-0.9.10-h516909a_1002
  xorg-libxtst       anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-libxtst-1.2.3-h516909a_1002
  xorg-recordproto   anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-recordproto-1.14.2-h516909a_1002
  xorg-renderproto   anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-renderproto-0.11.1-h14c3975_1002
  xorg-xextproto     anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-xextproto-7.3.0-h14c3975_1002
  xorg-xproto        anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-xproto-7.0.31-h14c3975_1007
  xz                 anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xz-5.2.5-h516909a_1
  zlib               anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::zlib-1.2.11-h516909a_1009
  zstd               anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::zstd-1.4.5-h6597ccf_2



Downloading and Extracting Packages
libffi-3.2.1         | 47 KB     | ############################################################################################# | 100% 
pixman-0.38.0        | 594 KB    | ############################################################################################# | 100% 
graphite2-1.3.13     | 102 KB    | ############################################################################################# | 100% 
xorg-inputproto-2.3. | 18 KB     | ############################################################################################# | 100% 
xorg-xproto-7.0.31   | 72 KB     | ############################################################################################# | 100% 
python-3.8.5         | 21.9 MB   | ############################################################################################# | 100% 
xorg-libxfixes-5.0.3 | 17 KB     | ############################################################################################# | 100% 
xorg-libxtst-1.2.3   | 31 KB     | ############################################################################################# | 100% 
libtiff-4.1.0        | 668 KB    | ############################################################################################# | 100% 
harfbuzz-2.7.2       | 1.8 MB    | ############################################################################################# | 100% 
lcms2-2.11           | 431 KB    | ############################################################################################# | 100% 
xorg-fixesproto-5.0  | 8 KB      | ############################################################################################# | 100% 
xorg-renderproto-0.1 | 8 KB      | ############################################################################################# | 100% 
openjdk-11.0.8       | 173.3 MB  | ############################################################################################# | 100% 
xorg-libxau-1.0.9    | 13 KB     | ############################################################################################# | 100% 
glib-2.66.0          | 3.5 MB    | ############################################################################################# | 100% 
xorg-libxrender-0.9. | 31 KB     | ############################################################################################# | 100% 
libxcb-1.13          | 396 KB    | ############################################################################################# | 100% 
xorg-libxdmcp-1.1.3  | 18 KB     | ############################################################################################# | 100% 
xorg-libice-1.0.10   | 57 KB     | ############################################################################################# | 100% 
xorg-kbproto-1.0.7   | 26 KB     | ############################################################################################# | 100% 
xorg-libsm-1.2.3     | 25 KB     | ############################################################################################# | 100% 
zstd-1.4.5           | 712 KB    | ############################################################################################# | 100% 
xorg-libx11-1.6.12   | 917 KB    | ############################################################################################# | 100% 
pthread-stubs-0.4    | 5 KB      | ############################################################################################# | 100% 
lz4-c-1.9.2          | 203 KB    | ############################################################################################# | 100% 
xorg-recordproto-1.1 | 7 KB      | ############################################################################################# | 100% 
xorg-libxi-1.7.10    | 45 KB     | ############################################################################################# | 100% 
cairo-1.16.0         | 1.5 MB    | ############################################################################################# | 100% 
alsa-lib-1.2.3       | 560 KB    | ############################################################################################# | 100% 
xorg-libxext-1.3.4   | 51 KB     | ############################################################################################# | 100% 
pcre-8.44            | 261 KB    | ############################################################################################# | 100% 
libwebp-base-1.1.0   | 845 KB    | ############################################################################################# | 100% 
xorg-xextproto-7.3.0 | 27 KB     | ############################################################################################# | 100% 
giflib-5.2.1         | 80 KB     | ############################################################################################# | 100% 
gettext-0.19.8.1     | 3.6 MB    | ############################################################################################# | 100% 
jpeg-9d              | 266 KB    | ############################################################################################# | 100% 
trimmomatic-0.39     | 142 KB    | ############################################################################################# | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate rna-seq
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate

安装成功后，我们再次使用conda info --env，可以发现多出了一个名为rna-seq的环境，但是星号仍在base环境中，说明当前活跃环境仍为base。

(base) bio06@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda info --env
# conda environments:
#
base                  *  /home/bio06/miniconda3
rna-seq                  /home/bio06/miniconda3/envs/rna-seq
  • 环境的激活与退出，在创建新环境的结果的末尾便给出了这部分命令，即激活为 conda activate rna-seq，退出为 conda deactivate。
(base) bio06@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda activate rna-seq
(rna-seq) bio06@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda info --env
# conda environments:
#
base                     /home/bio06/miniconda3
rna-seq               *  /home/bio06/miniconda3/envs/rna-seq

 我们可以看到，rna-seq环境被激活后，前面括号中的内容由base更改为了rna-seq，而查看环境后，星号也移动至rna-seq环境那一行。

(rna-seq) bio06@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda deactivate 
(base) bio06@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda info --env
# conda environments:
#
base                  *  /home/bio06/miniconda3
rna-seq                  /home/bio06/miniconda3/envs/rna-seq

 而退出环境后，则又变为base环境。

  • 在之前软件包安装的命令中，如果不用-n指定环境名称，则被安装在当前活跃环境。我们也可以通过conda install -n 环境名 包名，指定包的安装位置。

  • 一系列更新命令，因为本次学习过程中均安装的是最新版本，因此不做结果的展现。

conda update requests #更新软件包，可指定环境
conda update conda #更新conda,保持conda最新
conda update anaconda #更新anaconda
conda update python #更新python
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