BiocManager::install("biomaRt")
install.packages("arrow") # for store large matrix, data.frame or data.table
#
install.packages("reticulate")
reticulate::install_miniconda()
证明R中已经有conda环境,直接运行下一句即可
reticulate::py_install("magic-impute")
报错! 刚开始我以为是镜像的问题,换了北外、北大、西交大、南科大都是同样的报错
最后在conda(https://anaconda.org/conda-forge/)查找发现没有magic-impute这个安装包
然后去magic(https://github.com/dpeerlab/magic)官网,发现可以用pip安装。
####重点####
1.一定要调用r中的conda环境
根据提示,我的R conda 环境是
/home/data/t200305/.local/share/r-miniconda/bin/conda
调用成功
2.一般新安装的conda没有pip ,需要安装
/home/data/t200305/.local/share/r-miniconda/bin/conda install pip
###在这里之后踩过很多坑,比如调用创建的环境,一直失败最后发现需要这样调用
比如调用magic环境
其余的坑就不介绍了,都是小问题
3.用pip安装magic-impute
一句命令即可
/home/data/t200305/.local/share/r-miniconda/bin/pip install magic-impute
4.最后安装Rmagic
正常一句命令 install.packages("Rmagic")
但我的提示没有这个包在4.2.0版本下
去下载源码包然后本地安装即可(https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Rmagic/)
5.如果安装上了还是无法运行,R中运行下边几句代码
options("repos"= c(CRAN="http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/"))
library(reticulate)
virtualenv_install("magic", packages="magic-impute")
virtualenv_install("magic", packages="phate")
use_virtualenv("magic")
####不同终端可能不太一样,有的简单有的艰难,仅供参考