安装好HIBLUP后，我们可以参考HIBLUP的教程进行测试Tutorials – HIBLUP。直接在下载页面下载TestData.zip，下载完成后移动到hiblup_test中解压。在TestData文件夹中有以下文件：
其中genotype.bed\genotype.bim\genotype.fam三个文件是PLINK定义的基因型文件，pedigree.txt和phenotype.txt顾名思义，分别是系谱文件和表型文件。
根据HIBLUP教程，我们先计算一下等位基因频率，打开Ubuntu，命令行输入cd desktop/hiblup_test/将工作目录切换到hiblup_test文件夹。输入./bin/hiblup --bfile ./TestData/genotype --freq --out test 运行HIBLUP。--bfile后面指定输入基因型文件的前缀，--freq表示计算等位基因频率，--out后面输入结果文件的前缀。命令行运行效果如下：
运行完成后，我们在当前工作目录（hiblup_test）下获得了test.log和test.freq两个文件，test.log记录了本次程序运行的相关信息，test.freq包含了等位基因频率运算的结果，可以用记事本打开。
接下来计算关系矩阵，先基于系谱进行计算：
> ./bin/hiblup --make-xrm --pedigree TestData/pedigree.txt --add --add-inv --out test
--make-xrm表示生成关系矩阵，--pedigree指定了生成矩阵需要的系谱文件，--add --add-inv表示生成A矩阵和对应的逆矩阵，运算结果包括了两个矩阵，四个矩阵文件和一个log文件，.bin后缀的是二进制文件，.id后缀的文件包含了个体号，与.bin文件对应。
基于基因型计算系谱矩阵：
> ./bin/hiblup --make-xrm --bfile ./TestData/genotype --add --dom --out test_g
--add --dom 表示计算A矩阵和D矩阵运算结果同上。这些矩阵将在后续的遗传学分析中输入。
还有一些参数如--step设置单次读取的SNP数量，--snp-weight设置snp的权重，--extract和--exclude可以选取部分snp进行运算，--alpha设置构建H矩阵时系谱所占的权重，另外，环境随机效应矩阵也可以用--make-xrm生成。
因为HIBLUP产生的矩阵文件都是二进制文件，无法直接读取，也不能被其他遗传分析软件使用，所以HIBLUP还有一个参数--trans-xrm，可以转换矩阵文件的格式。
> ./bin/hiblup --trans-xrm --xrm test.PA --out test
--trans-xrm表示运行转换程序，--xrm后面跟的是矩阵文件的前缀，包含了.id文件和.bin文件。运行结果包括test.txt和test.id.txt文件，这里有一个小问题，test.id.txt文件为UTF-8格式，test.txt文件格式为US-ASCII，如果系统语言是中文，记事本打开US-ASCII格式的文件会乱码。推荐大家安装glogg，非常适合查看大型的文本文档。
使用--triangle参数可以改变矩阵的输出格式（行、列、值）。
同时指定--xrm-txt和--xrm-id也可以将文本格式的矩阵转换为二进制格式。
——2022年2月17日 21点52分——
