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安装bioconda:
去官网下载和自己电脑系统一样的版本
https://conda.io/miniconda.html
image.png
下载完后，双击解压，然后cd 到文件目录，开始安装。
# 安装bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh
之后会要求看一个license，和安装环境路径，输入yes 就好。
激活
source.bash_profile# 查看是否安装成功conda
image.png
出现上图代表安装成功
bioconda 是conda 上一个分发生物信息的频道，所以需要创建一些channels.
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
安装完channels后 需要更新miniconda
conda update conda
安装配置软件：
-sratoolkit
教程上用的Linux方法，mac会报错，建议使用以下方法。
方法一（别人可以，我的不行）：
conda install -c bioconda sra-tools=2.8.1
方法二（亲测可行）：（务必先安装homebrew，这个可是神器啊，一般安装不了是因为缺少Xcode，先把这个装了，用下面的链接就好）
ruby -e “$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)”brew install wgetbrew tap homebrew/sciencebrew install sratoolkit
余下的安装很简单没报错
conda install fastqc
conda install hisat2
conda install samtools
conda install -c bioconda htseq
conda install r
conda install rstudio
参考文献
http://www.biotrainee.com/thread-1796-1-1.html
http://www.biotrainee.com/thread-1800-1-1.html
整个分析流程：
