Linux实操(从入门到入坟)
1.miniconda上Linux
这里要用wget,使用提供的服务器的话网址是https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,注意这里装错了的话下一步执行不了。如果顺利,现在这个文件就到了你的服务器里。
下一步使用bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh来安装它,一路回车加yes
记得激活source ~/.bashrc
2.上镜像(用于加速下载)
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
3.使用conda
conda list查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda install fastqc -y安装软件
conda install fastqc=0.11.7 -y安装指定版本软件
fastqc --help调用帮助文档,可以建议软件是否顺利安装
conda remove fastqc -y卸载软件
此处必修结束
4.conda环境的创建
conda info --envs查看当前conda有哪些环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y如处理转录组数据时,我们创建了一个python3的conda环境
conda activate rna-seq激活这一环境(不激活依然在默认环境下)
如何退出?conda deactivate