文章内容取自高远老师的R安装升级后的若干规定动作
1.前期的设定
主要为两步:(1)给R包一个家
(2)给R包指两条路
在RStudio打开一个空白的脚本,先输入file.edit('~/.Renviron')
,点击Run会打开新的空白文本,输入
R_LIBS_USER="D:/Rlib"
#指定R的附加包安装目录。
并关闭该文本,保存。此设定通过 Renviron 文件为R自身设置一些环境变量,仅对R有效。
继续在脚本中输入file.edit('~/.Rprofile')
,再次点击Run打开新的空白文本,输入
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
#bioconductor
options("repos" =c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/",
CRANextra="https://www.stats.ox.ac.uk/pub/Rwin"))
#cran
2.给你的R一个权限
找到电脑上R的安装位置(图中为R的默认安装位置),鼠标右键R-属性-安全,进行下图的操作
【重点】不论是“R属性中的安全”还是弹出的“安全”窗口,一定要选到Users一行,再进行编辑和权限更改。
Tips:此处为关于设定好目录"D:/Rlib"后的补充
当你在控制台输入
>Sys.getenv("R_LIBS_USER")
[1]"D:/Rlib"
>.libPaths()
[1]"C:/Program Files/R/R-3.5.1/library"
表明你新安装的R包不会安装在"D:/Rlib"中,由此我们进行如下修改:
打开"C:\Program Files\R\R-3.5.1\library\base\R"(默认路径)中的"Rprofile",按照图中进行编辑
图中的"~\target"为本文的"D:/Rlib"(斜杆可能会引起报错)
解决方法取自 How do I change the default library path for R packages
3.试验——安装bioconductor包
在RStudio脚本中输入
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
BiocInstaller::biocLite()
下图为给权限前后的区别
如果安装bioconductor还有问题,请把https://bioconductor.org/biocLite.R 下载到本地并打开,在文件开头加入如下两行命令并保存。
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
#bioconductor
options("repos" =c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/",
CRANextra="https://www.stats.ox.ac.uk/pub/Rwin"))
#cran
接着使用source调用本地biocLite.R安装。在脚本窗口中输入
source("工作路径/biocLite.R")
BiocInstaller::biocLite()
4.结尾语
从此从bioconductor安装包再也不用source了!
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