太长不看版
只需要使用BiocManager::install()就可以把CRAN、bioconductor、GitHub来源的包都安装上了。
R包安装的天下三分
安装R包是每个学习R语言的同学都绕不开的一环。
现在R包主要的来源有三个：
CRANbioconductor-
GitHub。
按照比较经典的方法，三种来源的包应该对应三种安装方式：
- CRAN包：
使用install.packages函数安装：
install.packages("ggplot2")
- Bioconductor包：
使用BiocManager::install函数安装：
BiocManager::install("GenomicRanges")
- GitHub包：
使用devtools安装：
devtools::install_github("hadley/httr")
用错了安装的命令会怎样？
如果你选错了命令，例如用CRAN的安装方式去安装Bioconductor里的GenomicRanges包:
> install.packages("GenomicRanges")
可能会遇到这样的报错:
Warning in install.packages :
package ‘GenomicRanges’ is not available for this version of R
A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-package
报错“忽悠”你GenomicRanges这个包在当前版本的R不可用。如果你去升级/降级你的R版本，那就算是掉进死胡同里了。
天下三分，合归一统
实际上，BiocManager::install()就可以安装所有三个来源的包了。
CRAN上的包
例如CRAN上的经典包ape：
BiocManager::install("ape")
BiocManager就可以自己到CRAN里去把包装上：
'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see 'help("repositories", package = "BiocManager")'
for details.
Replacement repositories:
CRAN: https://cran.wustl.edu/
Bioconductor version 3.17 (BiocManager 1.30.21), R 4.3.1 (2023-06-16 ucrt)
Installing package(s) 'ape'
trying URL 'https://cran.wustl.edu/bin/windows/contrib/4.3/ape_5.7-1.zip'
Content type 'application/zip' length 3405117 bytes (3.2 MB)
downloaded 3.2 MB
package ‘ape’ successfully unpacked and MD5 sums checked
GitHub上的包
包括GitHub上的包，你只要把作者/仓库名写进括号里就可以了。
仓库地址：
'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see 'help("repositories", package = "BiocManager")'
for details.
Replacement repositories:
CRAN: https://cran.wustl.edu/
Bioconductor version 3.17 (BiocManager 1.30.21), R 4.3.1 (2023-06-16 ucrt)
Installing github package(s) 'r-lib/httr'
Downloading GitHub repo r-lib/httr@HEAD
就装好了。
注意，你得先安装上remotes这个包才能安装GitHub上的包：
BiocManager::install("remotes")
根据这个remotes包的介绍，其实除了GitHub之外的其他类似平台也是可以安装的，例如GitLab和Bitbucket。
Download and install R packages stored in 'GitHub', 'GitLab', 'Bitbucket', 'Bioconductor', or plain 'subversion' or 'git' repositories.
萌哥碎碎念
- 最近在学R语言，突然发现R在某些方面比SHELL似乎确实是优雅了不少。用SHELL写可能吭哧吭哧半天成果还是个半成品，R可能咔咔就整完了。
- 现在越来越倾向于多种语言混合做数据分析，用Rstudio开一个Rmarkdown，啥python啊R啊SHELL啊都往里面招呼，确实还蛮过瘾的。博采众长嘛。
- 以前最怕的是遇到问题查不到结果，现在有GPT了大部分的错误直接把报错贴给GPT它就给你分析出结果了，确实是实实在在地提高了生产力。
