如果把R比作操作系统，那么R packages就是系统中各种软件，这些软件能够处理各种数据。
推荐镜像这样设置下载快点（cran为清华镜像，bioc为中科大）
```
options()$repos
options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos
options()$BioC_mirror
```
对于生信分析人员下载这些软件通常从
cran 镜像 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
```
install.packages('111')
```
bioconductor网站，这里以安装TCGAbiolinks包为例，来看看遇到的问题
```
#安装Bioconductor
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
#检查是否安装Bioconductor成功
BiocManager::available()
#下载所需的RTCGA包
library(BiocManager)
BiocManager::install('RTCGA')
#安装TCGA相关包
BiocManager::install('TCGAbiolinks')
```
这里我安装成功了，然而加载时告诉我少包分别是latticeExtra和GenomeInfoDbData，这两个包是很典型的例子
latticeExtra包需从cran下载，命令为如下，要用source，或者直接下载包，本地安装，而install.packages（‘latticeExtra’）会报错，找不到包
install.packages("https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.5/latticeExtra_0.6-28.zip", repos=NULL,type="source")
library(latticeExtra)
GenomeInfoDbData包需用如下命令
BiocManager::install('GenomeInfoDbData')
然而它报错了
installation of package ‘GenomeInfoDbData’ had non-zero exit status
我又重新走代码安装了一次
结果成功了，一脸懵逼（网上百度说这样解决，但我没试https://blog.csdn.net/qq_39522546/article/details/82120309 ）
另外，更新r最新版本也能解决许多安装报错问题
https://blog.csdn.net/weixin_41859179/article/details/97570369
这个很详细的更新教程
github 网站安装
install.packages('devtools')
library(devtools)
###在线安装，不推荐
devtools::install_github("111")
##下载压缩包后本地安装，推荐
devtools::install_local("D://GEOmirror-master.zip") #本地安装,更好
怎么快速下载压缩包
推荐github下载网站，
https://shrill-pond-3e81.hunsh.workers.dev/
或者这篇知乎文章
https://www.zhihu.com/question/25369412
