1.INDEX文件构建
...
bismark_genome_preparation --path_to_bowtie /software/bowtie2-2.2.3/ --verbose ref
...
注意：新建ref文件，把hg19_chr1.fa拷贝进去，建索引
2. 比对
bismark --bowtie2 -N 0 -L 20 --sam -o test-mapping-out ref ref/test_data.fastq
-N 0在比对的时候允许0个错配信息；-L 20是在比对的时候建立的sed的大小是20（序列打成20，应在20-30之间）
双端时：bismark [options] <genome_folder> {-1 <mates1> -2 <mates2> | <singles>}
3
deduplicate_bismark -s test-mapping-out/test_data_bismark_bt2.sam
12.png
4.识别到甲基化的c
(1)mkidr CpGout
(2)bismark_methylation_extractor -s --comprehensive --no_overlap --bedGraph --counts --buffer_size 1G --report --cytosine_report --genome_folder ref test_data_bismark_bt2.deduplicated.sam -o ./CpGout
13.png
+发生甲基化(H)，-没发生甲基化(h)
