数据结构

• R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。
• 函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，可以在Rstudio的Console框里输入如： ?read.table ; ?read.csv ; ?header
• 首先明确“元素”的意思，元素指的是数字或者字符串（用chr表示）等，根据它可以区分两个词：
  1.标量：一个元素组成的变量
  2.向量：多个元素组成的变量
  3.变量=标量+向量
  使用时，一般都会直接给变量定义，也就是“赋值”，字面意思是赋予这个变量一个数值（其实也不一定是数值，还可以是字符串/数据框等等）。
• 相关赋值代码的含义：

x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量
x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数
x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次

需要注意的是：以上x就被赋值了4次，结果就是，第一次赋值被第二次的覆盖了，第二次的赋值又被第三次的覆盖了，以此类推，以最后一次为准

• 从向量中提取元素：
  1.根据元素位置

#这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素

2.根据值

x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

数据框

1.必须先将示例数据放到自己的工作目录下

2.读取本地数据

> read.table(file="huahua.txt",sep="\t",header=T)
  X1 X2
1  A  1
2  B NA
3  C NA
4  D  3
5  E NA

> read.csv("doudou.txt")
  X1 X2
1  A  1
2  B NA
3  C NA
4  D  3
5  E NA

这里有一个问题，目前搞不明白是什么意思以及怎么解读，先占个坑，以后在实践中明白以后再回来改。

> read.csv("doudou.txt")
  X1 X2
1  A  1
2  B NA
3  C NA
4  D  3
5  E NA
> read.table("doudou.txt")
     V1
1 X1,X2
2   A,1
3    B,
4    C,
5   D,3
6    E,
> read.csv("huahua.txt")
  X1.X2
1  A\t1
2   B\t
3   C\t
4  D\t3
5   E\t
> read.table("huahua.txt")
Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  : 
  line 3 did not have 2 elements
> read.table(file="huahua.txt",sep="\t",header=T)
  X1 X2
1  A  1
2  B NA
3  C NA
4  D  3
5  E NA
> read.table(file="doudou.txt",sep="\t",header=T)
  X1.X2
1   A,1
2    B,
3    C,
4   D,3
5    E,

3.设置行名和列名

X<-read.csv('doudou.txt')  #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet" #将第一列第一个值改为bioplanet
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1) #最后row.names的意思是将第一列作为行名

> X<-read.csv('doudou.txt')
> X
  X1 X2
1  A  1
2  B NA
3  C NA
4  D  3
5  E NA
> colnames(X)[1]<-"bioplanet" #将第一列第一个值改为bioplanet
> X
  bioplanet X2
1         A  1
2         B NA
3         C NA
4         D  3
5         E NA
> X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "   ",header =T,row.names=1)
> X
  X2
A  1
B NA
C NA
D  3
E NA

注意区分X的大小写！！！！！！！！

4.数据框的导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）

5.变量的保存与重新加载

#这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量
load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

6.提取元素:这里的X是的刚才的变量名，实际应用要懂得替换

- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列
- X[y] #也是第y列
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）

Q：save(X,file="test.RData")这句代码如果报错X not found，是为什么，应该怎么解决？ A：X是大写，所以X not found，应该改为小写x