前面体验过presto包赋能Seurat在大数据集做差异分析的提升,详情见Seurat | 解决了FindAllMarkers在大数据集上的速度短板。其实,Seurat v5在性能上的提升并不止这个,今天再来说说另外两个能够大力提升分析大数据能力的第三方依赖包。
- BPCells

- glmGamPoi

这些包虽然非常好,但其功能却没有直接添加到seurat里面,而是以第三方的形式存在,也就是说,安装seurat时并没有自动安装这些包,需要手动安装后才可以使用这些包的功能。
所以,安装seruat后,想要提升性能及大数据处理能力,还是手动安装一下吧,执行以下的命令,一键三连即刻拥有美好体验:
setRepositories(ind = 1:3, addURLs = c('https://satijalab.r-universe.dev', 'https://bnprks.r-universe.dev/'))
install.packages(c("BPCells", "presto", "glmGamPoi"))
值得注意的是没有试过最初的V5版本,不知道是不是三个都支持,如果全都想要的话建议还是升级到最新版本。