win10子系统ubuntu忘记密码解决方案

https://blog.csdn.net/qq_35366294/article/details/121870828

Ubuntu fastQC的安装

教程 https://blog.csdn.net/HUANWEIFENXI/article/details/124127201
FastQC官网：Babraham Bioinformatics - FastQC A Quality Control tool for High Throughput Sequence Data

【Linux】conda: command not found解决办法

https://blog.csdn.net/weixin_38705903/article/details/86533863
https://blog.csdn.net/qq_45175818/article/details/122984262

今天学习了如何在linux上安装软件

首先是下载miniconda

可以从https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/进入清华大学的镜像开源网站
点击要下载的版本右键复制链接#

'wget [连接]'#回车即可安装
sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

安装完成之后

`bash [安装包名称]`#这里可以输入几个前面的字母之后用tab键快速识别键入
如果失败了，要认真检查，减慢速度
安装成功不等于激活成功，不等于可以直接使用~这里给你两个方案
方案一：你卸载重装（rm -rf ~/miniconda3），并且注意每一步都yes
方案二：
你先运行：
echo export PATH=/home/$USER/miniconda3/bin:$PATH>>~/.bashrc
然后再：source ~/.bashrc

标红的地方按快了吗，默认no.jpg

激活

source ~/.bashrc来激活conda
命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了

添加镜像

所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。

# 使用中科大的镜像,一行一行复制
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

开始使用conda

1.输入conda list查看当前服务器上安装的所有软件列表

image.png

2.安装软件

conda install fastqc -y【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes，你可以试试不加-y有什么区别】

wget [软件连接]#这是Ubuntu的下载方法 fastQC 前面有官网

3.确认fastqc软件是否安装成功

输入fastqc --help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档，就可以确定已经安装成功。

4. 卸载软件

conda remove fastqc -y

“conda 环境

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

先查看当前conda有哪些环境

conda info --envs#带*号为默认

只有一个环境.png

建立环境

比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么。)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

image.png

再次查看环境

conda info --envs

两个环境.png

激活新环境

conda activate rna-seq#星号*转移到新环境

image.png

如果要退出当前环境，就运行conda deactivate

image.png