2022.8.14 miniconda.png

Miniconda

• 相当于app store

  
  
  image.png

1 安装Miniconda（在Ubuntu下）

• 查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a

• wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh下载安装【sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。】

• image.png

• 按 “回车”（不是写）

  image.png

• 激活source .bashrc

  image.png

• conda deactivate # conda config --set auto_activate_base false

  image.png
  
  
  image.png

• 检查安装 conda list
  

  image.png

• 配置镜像文件并查看channel
  conda config --get channels
conda config --remove channels
  

  image.png

成果

image.png

2 利用miniconda安装软件

• conda install 软件名称(ex.cutadapt)软件安装
• conda update 软件名软件更新
• 若不确定软件名称，可以先使用搜索： conda search fastqc
• 安装特定版本软件： ex. conda install bwa=0.7.12
• conda remove 软件名软件卸载

安装fastqc

• conda install fastqc -y （我装不了）
  

  image.png

• 这个参考
  1 (2条消息) conda不是内部文件或外部命令_Fastqc文件数据质量质检_weixin_39661129的博客-CSDN博客
  2 质控软件fastQC的安装及用法 - 简书 (jianshu.com)

• 打开安装包unzip 名.zip

3 卸载conda（应该一般不会卸载吧 😂）

• rm -rf ~/miniconda3
• vi ~/bash_profile
• .condarc 、.conda、 .continuum
  
  image.png

4 运行环境

• conda info --envs查看环境
• conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y新建环境!
• conda activate rna-seq激活环境
• conda deactivate退出环境
  image.png